Els llibres més inspiradors per aquest estiu

 Avui toca mostrar la selecció d'aquells llibres que són del meu interès i poden ser un bon suggeriment per a l'estiu. Alguns ja els he resumit amb IA al blog, d'altres els he fullejat, uns altres els he escoltat (audiollibres) i alguns els tinc pendents encara. Alguns d'ells són imprescindibles per anar pel món.  La lectura enriqueix l'esperit i ens reconforta.

Ara que FT ha publicat la seva selecció, trobo coincidències amb la meva llista de la part d'economia, no ficció, ciència i medicina. N'he seleccionat només 10, n'hi hauria molts més, però tot té un límit.

The Measure of Progress: Counting What Really Matters, on s'expliquen les dificultats i la importància de mesurar el progrés econòmic en un món en ràpida evolució, especialment amb la creixent digitalització. El llibre argumenta que els marcs de mesura actuals són inadequats per capturar la complexitat de l'economia moderna i fa una crida a un nou marc. Resum amb IA.

The Age of Diagnosis: How Our Obsession with Medical Labels Is Making Us Sicker, un llibre que explora l'obsessió amb les denominacions mèdiques i com està impactant negativament la nostra salut. El resum amb IA.

The Forgotten Sense, The New Science of Smell—and the Extraordinary Power of the Nose. Un llibre sobre l'olfacte, del que en sabem tant poc i que tant va afectar i encara afecta a molta gent que es va quedar sense olorar després de la COVID.

Valuing Health. The Generalized and Risk-Adjusted Cost-Effectiveness (GRACE) Model, Un llibre de Phelps i Lakdawalla que esdevé punt de referència actualitzat per a comprendre el valor de la salut.

Margin over Mission. When Private Equity Owns Your Hospital. Explicació de com el capital-risc als USA entra per la porta dels hospitals sense trucar. Una lectura atenta farà comprendre coses que passen ben aprop.

Super Agers. An Evidence-Based Approach to Longevity Llibre clau per a comprendre la longevitat, què hi contribueix, què l'atura i què es pot fer èticament. El signa Eric Topol, no cal afegir res més. Lectura obligada.

No More Tears: The Dark Secrets of Johnson & Johnson  és investigació exhaustiva sobre les pràctiques internes de Johnson & Johnson (J&J), contrastant la seva imatge pública de confiança i ètica amb una història oculta de pràctiques enganyoses, supressió de dades i priorització dels beneficis sobre la seguretat dels pacients. Resum amb IA 

Rethinking Medications, Truth, Power, and the Drugs You Take. El Dr. Jerry Avorn analitza en profunditat el recorregut dels medicaments des del seu descobriment científic fins al seu ús pels pacients, assenyalant tant els avenços impressionants de la ciència mèdica com les profundes deficiències sistèmiques que impedeixen que aquests medicaments beneficiïn plenament la societat. Resum amb IA.

Els límits de la vida, una novel·la sobre el que som. La seva lectura atrapa. Llegiu sobretot el capítol 5 tantes vegades com calgui, la descripció de la vida cel·lular.  Bona feina de Salvador Macip, i Eduard Martorell i David Bueno. Resum amb IA.

L’art de ser humans és un viatge fascinant a través de les arts, la neurociència i l’educació que redefineix la manera com percebem el món i a nosaltres mateixos. 

El nostre rellotge molecular

 The New Science of Aging Can Predict Your Future

Avui excepcionalment introdueixo un article d'Eric Topol al NYT traduït (per Google). Per guardar i reflexionar. El que està plantejant Topol és radical i modifica el plantejament de Geoffrey Rose, de dalt a baix. Ens caldrà llegir el seu nou llibre, Super Agers, que surt en tres setmanes, per copsar exactament el que proposa.

La nova ciència de l'envelliment pot predir el vostre futur

Opinió | Com viure més saludablement durant més temps - The New York Times

El somni de revertir l'envelliment ha captivat els humans durant segles, i avui la ciència està més a prop que mai d'assolir aquest objectiu. És a dir: encara està bastant lluny.

Això no és per falta d'intentar-ho. Alguns investigadors estan intentant reprogramar les cèl·lules per fer-les biològicament més joves, cosa que s'ha demostrat que inverteix les característiques de l'envelliment en animals més grans. Malauradament, això també pot provocar càncer. Altres investigadors estan estudiant fàrmacs anomenats senolítics, que tenen com a objectiu eliminar les cèl·lules envellides del cos. Tanmateix, també poden destruir altres cèl·lules que els humans necessiten per sobreviure.

Les transfusions de sang de ratolins joves semblen rejovenir els ratolins grans, però les empreses que ofereixen aquest tractament no provat per als humans estan cobrant molt per una teràpia potencialment perillosa. I tot i que alguns entusiastes de la longevitat prenen el fàrmac rapamicina perquè els estudis han demostrat que ajuda els animals a viure més temps, també debilita el sistema immunitari i nos'ha demostrat que funcioni en les persones.

Trobo que aquests esforços són intrigants i val la pena continuar. Però la majoria de la gent no només vol viure fins als 110 anys. Vol allargar el temps que viu lliure de malalties greus, un concepte conegut com a salut. Per això, l'enfocament més sensat és reduir la càrrega de tres grans malalties relacionades amb l'edat: el càncer, les malalties del cor i els trastorns neurodegeneratius, com la malaltia d'Alzheimer. Pot ser menys cridaner, però és més assolible que mai.

S'estima que almenys el 80% dels casos de malalties cardiovasculars, el 40% dels casos de càncer i el 45% dels casos d'Alzheimer es poden prevenir. Fins i tot amb un llarg retard (aquestes malalties poden trigar 20 anys o més a desenvolupar-se), els investigadors han lluitat per definir amb precisió el risc d'una persona amb prou antelació com per intervenir eficaçment. Per descomptat, algú pot fer-se una prova genètica i saber que té un risc més gran de patir la malaltia d'Alzheimer, però de què serveix això si no sap si la malaltia apareixerà aviat, als 95 o no?

En un futur proper, és possible que els metges no només puguin identificar si una persona té un alt risc de patir una malaltia greu relacionada amb l'edat; també poden predir quan és més probable que es manifesti aquesta malaltia i amb quina rapidesa podria progressar. Diversos descobriments recents de la ciència de l'envelliment fan que això sigui cada cop més possible.

Des de la dècada de 2000, els científics han utilitzat la seqüència genètica d'una persona per calcular el seu risc heretat de certes malalties. En els últims cinc anys, la quantitat de dades que el camp mèdic pot recollir sobre la salut d'una persona ha augmentat. Més enllà de les eines tradicionals, com ara els registres mèdics, els resultats de laboratori de rutina i les imatges, els metges poden extreure una sèrie de rellotges biològics que ajuden a fer un seguiment de l'envelliment del cos.

Per exemple, els científics ara poden mesurar milers de proteïnes d'un sol vial de sang per generar el que s'anomenen rellotges d'òrgans proteòmics. Aquests rellotges descoberts recentment poden estimar el ritme d'envelliment del cervell, el cor, el fetge, els ronyons i el sistema immunitari. Aquests rellotges poden revelar, per exemple, si el cor d'una persona envelleix més ràpidament que la resta del seu cos, com un mecànic de cotxes que descobreix que tot funciona com hauria de ser, excepte els frens posteriors. Altres rellotges moleculars poden calcular l'edat biològica d'una persona en comparació amb la seva edat cronològica. El més estudiat és l'anomenat rellotge epigenètic, una lectura de parts del nostre ADN que es poden extreure d'una mostra de saliva. Les noves anàlisis de sang també poden detectar els primers signes de les tres principals malalties relacionades amb l'envelliment.

La superposició de tota aquesta informació biològica amb els avenços recents en intel·ligència artificial permet als proveïdors de salut fer prediccions cada cop més sofisticades sobre la probabilitat d'una persona de desenvolupar una malaltia.

Preneu una persona que vulgui determinar el seu risc de patir la malaltia d'Alzheimer. Ara es pot sotmetre a una anàlisi de sang per a una proteïna que quantifica l'acumulació de placa al cervell associada a la malaltia. Aviat, un metge també podria utilitzar un rellotge d'òrgans proteòmics per avaluar si el seu cervell sembla estar envellint més ràpid que la resta del seu cos o analitzar una foto de la seva retina, una eina emergent que, quan es combina amb la IA, pot ajudar a estimar la probabilitat de desenvolupar la malaltia d'Alzheimer en els propers cinc o set anys. Hi ha proves similars que es poden fer per avaluar el risc de càncer i malalties del cor.

Aquest nivell de coneixement pot donar lloc a una nova manera d'abordar aquestes malalties: vigilància activa combinada amb canvis agressius d'estil de vida. Una persona considerada d'alt risc d'Alzheimer es pot sotmetre a avaluacions regulars i imatges cerebrals mentre pren mesures preventives per reduir el seu risc. Això podria incloure reduir els aliments ultraprocessats, augmentar l'activitat física i abordar qualsevol canvi en la pèrdua d'audició o visió, factors que poden influir en el declivi cognitiu. Els metges també podrien recomanar prioritzar el son, reduir l'alcohol i l'aïllament social o fer-se la vacuna contra el teules, que recentment s'ha demostrat que redueix el risc de demència. Alguns també podrien considerar prendre GLP-1, fàrmacs per a la diabetis i per perdre pes, que semblen reduir la inflamació nociva al cervell i al cos i que s'estan provant en assaigs clínics per prevenir l'Alzheimer.

Reunir aquesta informació mèdica i convertir-la en plans individuals per prevenir malalties cròniques és diferent de l'enfocament actual. Els protocols de detecció del càncer, per exemple, depenen en gran mesura de l'edat d'una persona. Aquí també és on els models d'IA poden beneficiar millor la medicina. Aquests models estan millorant en precisió i raonament i algun dia podrien incorporar dades dels nostres microbiomes intestinals o sistemes immunitaris per fer les prediccions de malalties encara més precises.

Fer-ho bé requerirà més estudi i inversió. No volem agreujar les desigualtats sanitàries fent que aquest tipus d'atenció mèdica només sigui accessible a uns pocs rics. Les reduccions importants de l'administració de Trump en el suport governamental a la investigació mèdica atenuaran aquestes perspectives.

Obtenir una injecció de sang juvenil o prendre l'últim suplement anti-envelliment de moda pot semblar una drecera per a una vida més llarga. Però allargar els anys que la gent viu sense la càrrega de les principals malalties relacionades amb l'edat és el que hauria de ser una prioritat nacional.

El Dr. Eric Topol és professor i vicepresident executiu de Scripps Research. És cardiòleg en exercici de la Clínica Scripps a La Jolla, Califòrnia. Aquest assaig està adaptat del seu proper llibre, "Super Agers: An Evidence-Based Approach to Longevity".

PS. Què cal fer per la prevenció de l'Alzheimer?

PS. La reflexió de Peter Singer sobre el suicidi assistit de Kahneman també es motiu de reflexió al NYT. 

PS. Podcast de la darrera entrevista a Daniel Kahneman

L'embut perfectament dissenyat i la necessària redefinició de les professions sanitàries

The political economy of corporatism in medicine: Self-regulation or cartel management?

When Pathology and Laboratory Medicine Becomes a Commodity and Health Care Becomes Both Its Customer and Owner

Fa més de tres dècades que en Peter Zweifel i en Rein Eichenberger van escriure un article significatiu sobre el corporativisme en medicina. En concret es fixaven en una qüestió que passa sovint desapercebuda, la delegació de les tasques regulatòries del govern en les organitzacions mèdiques. Fonamentalment, se centrava en les qüestions d'accés a la professió, nombre de professionals en formació sanitària especialitzada i tipus, o la definició de les especialitats. Deia que tot plegat, en els set països que analitzava, havia donat lloc a una densitat de metges (número de metges per càpita)que era diferent segons el nivell de corporativisme en medicina del país. I després afegia que un fort corporativisme reduïa l'impacte negatiu d'una major oferta de professionals en els ingressos econòmics dels metges.

Agafem un exempre recent. La setmana passada es va crear una nova especialitat que en diuen de Laboratori Clínic, a partir de la fusió de dues especialitats existents, Anàlisis Clíniques i Bioquímica. L'argumentació és magnífica, 

La evolución tecnológica va a seguir condicionando este tipo de estructuras organizativas en los centros sanitarios de mayor tamaño, donde se forman la mayoría de los especialistas, pero también va a condicionar el trabajo en centros comarcales, que van a requerir de especialistas más polivalentes.

El trabajo conjunto, en cualquiera de estas estructuras organizativas, no solo evita la fragmentación de la atención y el conocimiento, si no que genera el efecto contrario, unificando la atención a los y las pacientes e integrando conocimientos.

Con este proyecto, se persigue de esta forma mejorar la formación de los especialistas en Ciencias de la Salud, a la vez que se facilita la gestión de los recursos humanos en salud.

La tecnologia condiciona l'organització, punt. L'organització acaba rendint-se a la tecnologia. Però si és així, jo em pregunto per què han mantingut l'Anatomia Patològica al marge? L'anàlisi d'ADN circulant fa confluir també amb l'activitat dels patòlegs. Molts països ja ho han fet. I la fusió i redefinició d'especialitats hauria de continuar assenyadament en molts més casos. Ara bé, dir-ne Laboratorio Clínico és un disbarat per als annals de la història de la medicina. Aquest nom no és una especialitat, una disciplina mèdica, és tant sols un tros d'un edifici de l'hospital o d'una organització en general. La disciplina és la Medicina de Laboratori, el nom convencional europeu per aquesta especialitat. I quin hauria de ser el model d'especialitat i d'organització? . Doncs com a exemple mirar cap al Canadà i cap Alberta en particular donaria pistes del que cal fer. Aquesta taula ho resumeix:

Segurament a data d'avui caldria reescriure l'article de Zweifel i redefinir els papers de cadascú. Han passat moltes coses d'ençà d'aleshores. Però n'hi ha una que roman, l'escassetat de metges. I la pregunta que molts es fan, és per què hi ha escassetat?. Doncs que mirin qui decideix les places de forma efectiva, qui accepta que hi hagi determinada oferta i la resposta serà immediata. Molts diuen que el govern no ha planificat, i és cert. Però encara que hagués planificat té delegada la regulació parcialment en comissions de les especialitats i en la comissió nacional, així com els degans d'universitat, i també cal recordar-ho, hi tenim les decisions arbitràries de les comunitats autònomes. Unes comisions que en diuen assessores però que a la pràctica exerceixen com a lobby d'influència determinant i decisor. Mentre no es modifiqui el corporativisme i l'estructura legal que facilita la delegació de la regulació que deia Zweifel no hi haurà solució als problemes d'accés i qualitat a l'assistència per part de la població. 

Fa cinc anys Eric Topol va fer un informe per al NHS sobre com la digitalització modificaria la tasca dels professionals de la salut al NHS. Allà no l'hi han fet massa cas, però aquí ni tant sols hi ha un informe.

Resum. Hi ha un embut perfectament dissenyat. No hi ha el nombre ni tipus de metges que es necessiten per afrontar les tasques i disposar d'un accés digne als serveis. Tot el que observem com a resultat no és un error de planificació del nombre de metges, és exactament tal com s'ha previst que sigui, possiblement per deixadesa.

Hospital de la Santa Creu

La fi de l'expertesa (3)

 Expert Failure

En Plató deia que no s'assoliran avenços en la política fins que un governant esdevingui filòsof o un filòsof esdevingui governant. Si no hi ha algú preparat no hi haurà prosperitat a la república. Estic força d'acord en la necessitat de preparació dels polítics, però ser filòsof no es garantia. El que encara estic més d'acord és amb la necessitat d'aprofitament del talent, sigui del polític o no, sigui en la política o no. I sobre això sabem que hi ha una gran crisi. Els que estan en possessió de la veritat, els sectaris, no necessiten el coneixement ni els experts. I llavors el desaprofitament del talent es generalitza. El llibre que he escollit avui podria titular-se "economia de l'expertesa", i explica prou bé el context de tot plegat.

Resum del llibre amb IA

Aquest llibre, titulat "Expert Failure", explora la problemàtica dels experts en diversos camps, des de la filosofia fins a la ciència forense, passant per l'economia i el dret, tot destacant com poden fallar i quines implicacions tenen aquests errors. L'autor, Roger Koppl, desenvolupa una teoria anomenada "teoria de l'elecció d'informació" per analitzar el comportament dels experts com a actors econòmics, centrant-se en les seves decisions sobre quina informació comunicar.

A continuació, es detallen els punts clau del llibre:

1. Naturalesa i Història del Problema:

• Revisió de la literatura sobre experts: El llibre comença identificant una àmplia literatura sobre experts, dispersa en diverses disciplines, i proposa una taxonomia per classificar les diferents perspectives teòriques. Aquesta taxonomia divideix les perspectives en funció de si es considera que els experts són fiables o no fiables, i si els no experts tenen o no la capacitat d'escollir competentment entre les opinions dels experts. Així, s'estableixen quatre categories teòriques principals.
• Episodis històrics: S'analitzen dos episodis històrics importants relacionats amb el problema dels experts: la tradició socràtica i els testimonis d'experts en el dret. La tradició socràtica és utilitzada per l'autor per mostrar els perills dels experts i l'autocràcia, mentre que la història dels testimonis d'experts en dret posa de manifest com els experts poden ser utilitzats per les parts per donar suport a interessos particulars, en lloc de buscar la veritat.
• Temes recurrents en la teoria d'experts: S'examina el paper del poder, l'ètica, la reflexivitat, el ciutadà ben informat, el control democràtic dels experts, la discussió i l'estructura del mercat. Aquests temes són crucials per entendre com els experts interactuen amb la societat i quines salvaguardes són necessàries per evitar el seu mal ús. Per exemple, es qüestiona la noció del ciutadà ben informat, argumentant que la discussió és un mecanisme més útil per empoderar la ciutadania.

2. Teoria de l'Elecció d'Informació:

• Experts com a actors econòmics: La teoria presentada en el llibre considera els experts com a actors econòmics que trien quina informació divulgar, assumint que no són intrínsecament més honestos o deshonestos que els no experts. Aquesta teoria s'inspira en la teoria de l'elecció pública, que aplica la lògica econòmica a l'anàlisi de les decisions polítiques.
• Definició d'expert: En lloc de definir un expert per la seva experiència, el llibre proposa definir-lo com a qualsevol persona a qui es paga per donar una opinió. Aquesta definició permet mantenir una visió oberta sobre la fiabilitat dels experts i minimitza la idea que els no experts són incapaços.
• La importància de l'estructura del mercat: L'autor destaca que la fiabilitat dels experts i el poder dels no experts depenen de l'estructura del mercat on operen. Es compara la competència amb el monopoli, argumentant que la competència pot millorar la fiabilitat dels experts, mentre que el monopoli pot conduir a comportaments menys fiables. Per exemple, es compara la competència religiosa amb el monopoli religiós, argumentant que el monopoli genera misteri i poca moderació.
• El concepte de "Big Players": S'explora la influència dels "Big Players" en els mercats, especialment en el context dels experts. Els "Big Players" són entitats amb gran poder i influència que poden manipular el mercat per obtenir beneficis propis.

3. La Divisió del Coneixement:

• Coneixement dispers: El llibre enfatitza la idea que el coneixement està dispers en la societat i que ningú té un coneixement complet de com funciona el sistema. Aquesta idea, inspirada en les teories de Friedrich Hayek i Bernard Mandeville, és central en la teoria de l'autor.
• Tipus de coneixement: Es distingeixen diferents tipus de coneixement, com ara el coneixement constitutiu (que guia l'acció i és inherent a la pràctica) i el coneixement especulatiu (teòric i explícit). També es presenta l'acrònim "SELECT" per descriure el coneixement: Synecological, Evolutionary, Exosomatic, Constitutive i Tacit.
• Limitacions de la planificació: La dispersió del coneixement implica que la planificació centralitzada és impossible. Cap entitat pot tenir tot el coneixement necessari per planificar completament un sistema complex com la societat. L'autor argumenta que l'ordre social és emergent i espontani, no dissenyat per una ment central.

4. Casos Específics i Crítica:

• La ciència forense: Es dedica una atenció especial a la ciència forense, mostrant com aquesta àrea, malgrat ser presentada com a objectiva, està plena de biaixos i errors. S'analitzen casos com la identificació d'escriptura a mà, on es critica la falta d'estudis de validació i la influència de les expectatives.
• El complex militar-industrial i l'estat profund: El llibre examina el complex militar-industrial i l'estat profund ("entangled deep state") com a exemples de com els experts poden ser utilitzats per interessos particulars. S'adverteix sobre el perill que la política pública sigui captiva d'una elit científico-tecnològica. El concepte d'"estat profund" és utilitzat per analitzar com les estructures de poder no democràtiques poden influir en les polítiques públiques. L'autor destaca que el complex militar-industrial i l'estat profund són una amenaça per a la democràcia pluralista.
• El cas del "Flexner Report": S'analitza críticament l'informe Flexner sobre l'educació mèdica als Estats Units, destacant la seva discriminació racial i com la uniformització dels criteris educatius pot ser contraproduent. El llibre assenyala que aquest informe va promoure una visió espúria sobre la inferioritat de la població negra i va imposar un model únic d'educació mèdica.
• La qüestió de la monopsoni: S'analitza el concepte de monopsoni (un mercat amb un únic comprador) i com afecta els experts, especialment en àrees com la ciència forense. Es mostra que el monopsoni pot reduir els incentius per a la millora i la fiabilitat dels experts.

5. Implicacions i Conclusió:

• La necessitat de la competència: El llibre conclou que la competència és un mecanisme essencial per millorar la fiabilitat dels experts i empoderar els no experts. La competència impedeix que els experts es converteixin en monopolis i fomenta la innovació i la rendició de comptes.
• L'egalitarisme epistemològic: L'autor defensa un model radicalment igualitari del coneixement, on el coneixement és synecological, evolutionary, exosomatic, constitutive i tacit (SELECT). Aquesta perspectiva contrasta amb visions més jeràrquiques del coneixement i la societat.
• La importància de la reflexió: Es destaca la necessitat de reflexionar sobre el paper dels experts i les seves possibles falles. El llibre argumenta que el problema dels experts és fonamentalment un problema epistemològic i econòmic, no un problema ètic. L'autor advoca per un enfocament crític i reflexiu sobre els experts en tots els camps.

En resum, "Expert Failure" és una anàlisi profunda i crítica del paper dels experts en la societat, explorant els mecanismes econòmics i epistemològics que poden conduir a errors i abusos. El llibre proposa una visió radicalment igualitària del coneixement i defensa la competència com a clau per millorar la fiabilitat dels experts i protegir la societat de les seves falles.

PS. Els metges amb intel·ligència artificial són superats per la intel·ligència artificial sola, Eric Topol al NYT. (?)

Els grans models de llenguatge de les ciències de la vida

Learning the language of life with AI 

El darrer article de  l'Eric Topol a Science és una guia per a l'estat de situació dels models d'IA en ciències de la vida. El resum en IA és aquest:

L'article "Learning the language of life with AI" de Science tracta sobre els avenços recents en la intel·ligència artificial (IA) aplicada a les ciències de la vida, especialment en la comprensió i disseny de biomolècules. L'article destaca el ràpid progrés en aquest camp, des de models d'IA que prediuen l'estructura de proteïnes fins a sistemes multiagent que dissenyen nous anticossos.

Aquí hi ha alguns punts clau de l'article:

• Models de llenguatge de la vida (Large language of life models) (LLLMs): Són models d'IA que, a diferència dels models multimodals com GPT-4, processen dades de diferents capes de la biologia molecular, com ara proteïnes, ARN, ADN i lligands.
• AlphaFold 2: Aquest model va ser un precursor significatiu, ja que va resoldre el problema del plegament de proteïnes, predient estructures 3D per a més de 200 milions de proteïnes.
• Nous models: L'article descriu diversos models recentment desenvolupats, com ara:
  • AlphaFold 3: Preveu l'estructura 3D de complexos de proteïnes, ADN, ARN, molècules petites i lligands.
  • Boltz-1: Un model de codi obert que prediu interaccions biomoleculars amb una precisió semblant a AlphaFold 3.
  • MassiveFold: Permet realitzar càlculs d'AlphaFold en paral·lel, reduint significativament el temps de computació.
  • EVOLVEpro: Un model de llenguatge de proteïnes per a l'enginyeria de proteïnes guiada per IA.
  • PocketGen: Defineix l'estructura atòmica de les interaccions proteïna-lligand.
  • RhoFold i RhoDesign: Per a la predicció de l'estructura 3D de l'ARN i el disseny d'aptàmers d'ARN, respectivament.
  • GET (general expression transformer): Preveu quins gens es transcriuran a ARN en diversos tipus de cèl·lules humanes.
  • Models de llenguatge d'ADN: Prediuen els efectes funcionals de les variacions en les regions codificants i no codificants del genoma humà.
  • MethylGPT i CpGPT: Models per a anàlisis epigenètiques, com l'estimació de l'edat cronològica.
  • SyntheMol: Ajuda a dissenyar i validar nous antibiòtics.
• Single-Cell Similarity (SCimilarity): Identifica un tipus de cèl·lula utilitzant l'anàlisi del veí més proper.
• Sistemes multiagent: Es menciona un sistema anomenat Virtual Lab, que utilitza múltiples agents d'IA amb diferents especialitats per dissenyar nanobodies contra el SARS-CoV-2. Aquest sistema va utilitzar tres LLLMs: AlphaFold-Multimer, Rosetta i ESM.
• Cèl·lula virtual d'IA (AIVC): L'article planteja l'aspiració de construir una AIVC per simular les accions de molècules, cèl·lules i teixits, amb l'objectiu de revolucionar la investigació biomèdica, la medicina personalitzada i altres camps.
• Digitalització de la biologia: Es compara la biologia amb l'enginyeria a causa dels avenços en IA, ja que ara es poden construir i comprendre els components de la vida mitjançant el mètode científic.
• Complexitat de la vida: Tot i el progrés, l'article adverteix que la biologia és extremadament complexa i que la comparació amb màquines o robots pot no ser suficient.
• Disponibilitat de dades: L'article destaca que hi ha una gran quantitat de dades per entrenar models d'aprenentatge automàtic, gràcies a iniciatives com el Projecte Genoma Humà, l'Atles de Cèl·lules Humanes i altres.
• L'Atles de Cèl·lules Humanes ha mapejat 62 milions de cèl·lules i té previst arribar a 1.000 milions, amb la col·laboració de 3.000 científics de 100 països.

En resum, l'article explora com els LLLMs estan transformant la biologia, permetent una comprensió més profunda i precisa dels processos biològics i la capacitat de dissenyar noves eines i solucions en medicina i biotecnologia. L'article també destaca la col·laboració entre agents d'IA i la creixent digitalització de la biologia, alhora que recorda la gran complexitat del llenguatge de la vida.

Narcís Duran

L'accés als medicaments pel càncer

 Access to oncology medicines in EU and OECD countries

Resum amb IA

Aquest document de treball de l'OCDE analitza l'accés als medicaments oncològics als països de la UE i de l'OCDE, destacant les desigualtats i els reptes que afronten els sistemes de salut. El document se centra en tres etapes principals del cicle de vida d'un medicament contra el càncer: l'aprovació reguladora, la fixació de preus i el reemborsament, i l'adopció i la utilització.

Aprovació reguladora

●L'Agència Europea de Medicaments (EMA) és responsable de l'autorització de comercialització a nivell europeu.

●Els medicaments genèrics i biosimilars han de passar per processos d'aprovació específics. Els genèrics són còpies de medicaments de molècules petites, mentre que els biosimilars són còpies de medicaments biològics.

●La legislació farmacèutica proposada per la UE busca accelerar l'autorització de medicaments innovadors.

Fixació de preus i reemborsament

●La majoria dels països de la UE/EEE tenen agències d'avaluació de tecnologies sanitàries (HTA) per informar les decisions de fixació de preus i reemborsament.

●Les decisions de reemborsament es prenen principalment a nivell nacional, però alguns països tenen enfocaments descentralitzats, el que pot crear desigualtats d'accés.

●Els criteris per al reemborsament poden incloure el benefici terapèutic, la necessitat mèdica, la relació cost-eficàcia i l'impacte pressupostari. L'impacte pressupostari dels nous medicaments contra el càncer influeix cada vegada més en les decisions de reemborsament.

●Els acords d'entrada gestionada (MEA) són cada cop més importants per fer front a la incertesa en les decisions de cobertura i preus. Els MEA poden ser financers o basats en el rendiment. Els MEA financers són més utilitzats pels països a causa de la seva facilitat de gestió.

●El temps entre l'autorització de comercialització per l'EMA i la decisió de reemborsament varia molt, des de menys de 100 dies a Alemanya i Suècia fins a més de tres anys a Xipre, Letònia i Lituània.

●Alguns països restringeixen el reemborsament de medicaments contra el càncer a poblacions de pacients més petites que les definides en l'autorització de comercialització.

Adopció i utilització

●Les despeses en medicaments contra el càncer han augmentat considerablement, principalment a causa dels alts preus dels medicaments nous i de l'augment del seu ús.

●L'accés als assajos clínics d'oncologia varia entre els països de la UE.

●Els sistemes d'accés primerenc s'utilitzen per millorar l'accés als nous medicaments contra el càncer, però sovint només beneficien una petita part dels pacients elegibles. Els programes d'accés primerenc poden ser de base poblacional o de pacient designat, sent aquest últim el més comú.

●Els marcs de valor, com ara l'Escala de magnitud del benefici clínic de l'ESMO (MCBS), poden ajudar a racionalitzar les decisions de reemborsament.

●El reemborsament de les proves de diagnòstic complementàries no sempre està vinculat al reemborsament del medicament corresponent, el que pot frenar l'adopció de la medicina personalitzada.

●Les polítiques per fomentar l'ús de genèrics i biosimilars varien entre els països. La substitució de medicaments de marca per genèrics i biosimilars pot comportar importants estalvis.

Conclusions i opcions de política

●Cal accelerar l'avaluació de nous medicaments i ampliar l'ús de MEA per gestionar la incertesa i els impactes pressupostaris.

●S'hauria de dur a terme una avaluació exhaustiva de tecnologies sanitàries per a tots els nous medicaments i extensions a noves indicacions, incloent l'anàlisi del benefici terapèutic i els costos associats.

●Es pot capitalitzar una avaluació conjunta europea de tecnologies sanitàries per agilitzar les decisions de reemborsament i explorar la contractació conjunta transfronterera.

●Cal fer front als obstacles que dificulten l'accés dels pacients als medicaments ja reemborsats i als nous medicaments contra el càncer.

●S'hauria de garantir un pressupost públic adequat, una decisió conjunta de reemborsament d'un medicament amb la seva prova complementària, actualitzacions periòdiques de les guies clíniques i una formació contínua del personal clínic.

●L'accés a medicaments oncològics varia molt entre els països de la UE/EEE/CH.

●Els sistemes d'accés primerenc haurien de passar a un model basat en la població per reduir les desigualtats.

●S'ha d'incentivar l'ús de genèrics i biosimilars.

En resum, el document destaca els reptes per garantir un accés equitatiu i oportú als medicaments contra el càncer a la UE i als països de l'OCDE, i presenta diverses opcions polítiques per millorar la situació.

PS. Els llibres de l'any segons Eric Topol

El llenguatge de la vida

 

L'Eric Topol ens ofereix un resum d'alta qualitat per entendre el moment que viu la ciència mitjançant la intel·ligència artificial. 

Impressionant. Aquesta és la llista de grans models de llenguatge en ciències de la vida (LLLMs):

1. Evo. This model was trained with 2.7 million evolutionary diverse organisms (prokaryotes—without a nucleus, and bacteriophages) representing 300 billion nucleotides to serve as a foundation model (with 7 billion parameters) for DNA language, predicting function of DNA, essentiality of a gene, impact of variants, and DNA sequence or function, and CRISPR-Cas prediction. It’s multimodal, cutting across protein-RNA and protein-DNA design.

   Figure below from accompanying perspective by Christina Theodoris.

2. Human Cell Atlas A collection of publications from this herculean effort involving 3,000 scientists, 1,700 institutions, and 100 countries, mapping 62 million cells (on the way to 1 billion), with 20 new papers that can be found here. We have about 37 trillion cells in our body and until fairly recently it was thought there were about 200 cell types. That was way off—-now we know there are over 5,000.

   One of the foundation models built is Single-Cell (SC) SCimilarity, which acts as a nearest neighbor analysis for identifying a cell type, and includes perturbation markers for cells (Figure below). Other foundation models used in this initiative are scGPT, GeneFormeR, SC Foundation, and universal cell embedding. Collectively, this effort has been called th “Periodic Table of Cells” or a Wikipedia for cells and is fully open-source. Among so many new publications, a couple of notable outputs from the blitz of new reports include the finding of cancer-like (aneuploid) changes in 3% of normal breast tissue, representing clones of rare cells and metaplasia of gut tissue in people with inflammatory bowel disease.

3. BOLTZ-1 This is a fully open-source model akin to AlphaFold 3, with similar state-of-the-art performance, for democratizing protein-molecular interactions as summarized above (for AlphaFold 3). Unlike AlphaFold 3 which is only available to the research community, this foundation model is open to all. It also has some tweaks incorporated beyond AlphaFold 3, as noted in the preprint.

4. RhoFold For accurate 3D RNA structure prediction, pre-trained on almost 24 million RNA sequences, superior to all existing models (as shown below for one example).

5. EVOLVEPro A large language protein model combined with a regression model for genome editing, antibody binding and many more applications for evolving proteins, all representing a jump forward for the field of A.I. guided protein engineering.

6. PocketGen A model dedicated to defining the atomic structure of protein regions for their ligand interactions, surpassing all previous models for this purpose.

   

7. MassiveFold A version of AlphaFold that does predictions in parallel, enabling a marked reduction of computing time from several months to hours

8. RhoDesign From the same team that produced RhoFold, but this model is for efficient design of RNA aptamers that can be used for diagnostics or as a drug therapy.

9. MethylGPT Built upon scGPT architecture, trained on over 225,000 samples, it captures and can reconstruct almost 50,000 relevant methylation CpG sites which help in predicting diseases and gauging the impact of interventions (see graphic below).

   

10. CpGPT Trained on more than 100,000 samples, it is the optimal model to date fo predicting biological (epigenetic) age, imputing missing data, and understanding biology of methylation patterns.

11. PIONEER A deep learning pipeline dedicated to the protein-protein interactome, identifying almost 600 protein-protein interactions (PPIs) from 11,000 exome sequencing across 33 types of cancer, leading to the capability of prediction which PPIs are associated with survival. (This was published 24 October, the only one not in November on the list!)

Al KBR, Cartier-Bresson

I per aquí aprop, mentrestant anem venent privadament la recerca inicial finançada públicament i perdem l'oremus, mentre alguns se n'aprofiten. Desgavell perfectament dissenyat.