Es mostren les entrades ordenades per rellevància per a la consulta precision medicine. Ordena per data Mostra totes les entrades
Es mostren les entrades ordenades per rellevància per a la consulta precision medicine. Ordena per data Mostra totes les entrades

19 d’octubre 2015

Precision medicine in an outdated regulation

Specially dedicated to european politicians, this was my op-ed in Diario Médico last week:

La medicina de precisión en una regulación obsoleta

El retraso regulatorio europeo en pruebas diagnósticas y suministros médicos es descomunal

El avance tecnológico coge por sorpresa a gobiernos y parlamentos. El retraso en actualizar la regulación a las nuevas realidades frena a su vez la difusión de las innovaciones e introduce incertidumbres sobre la eficacia y seguridad. Desde hace más de una década sabemos que el impacto en la asistencia sanitaria de los avances en el genoma humano tendría lugar algún día inexorablemente. Sin embargo,a fecha de hoy, estamos a la espera de su regulación.
En 2005 un periódico anunció que llegaba la medicina personalizada pero muy pronto nos dimos cuenta que todo era más complicado de lo que algunos proclamaban. En 2011, Science decía en portada: “Lo mejor está por venir”. A la secuenciación del genoma humano le faltaba todavía mucho trayecto para que se concretara en impacto en la salud poblacional. Y en el mismo año se publicó el informe del National Research Council estadounidense: “Toward Precision Medicine”. En él se mostraba el impacto del conocimiento biomédico en la clasificación de la enfermedad, describía el reto de la redefinición de la enfermedad a partir de la biología molecular, a la vez que popularizaba el nuevo término: Medicina de Precisión.
En marzo de 2012, Cell publica un artículo crucial donde se relata la aparición molecular de una enfermedad. Un profesor de Stanford relata la evolución de su perfil ómico personal, analiza qué ocurre durante dos años, cómo surge la enfermedad y cuál es la reacción molecular del cuerpo. Explica cómo descubre el riesgo de diabetes y cuando se confirma, qué hace a partir de aquel momento.
Del titular del periódico de hace una década nos acercamos, ahora sí, a la medicina de precisión, intensiva en datos. Las inversiones públicas en iniciativas de investigación son tan solo una parte del todo. Lo que llamábamos “medicina estratificada”, la que une pruebas diagnósticas complementarias (companion diagnostics) para determinar el tratamiento farmacológico, ya está entre nosotros. Ahora es un ejemplo más de medicina de precisión. Y resulta que a fecha de hoy, en Europa tenemos una regulación vigente de 1998 (!). Desde 2012 circula un borrador para actualizar la directiva sin éxito. Recientemente, el pasado 23 de septiembre, ha surgido un nuevo borrador que la Comisión quiere elevar al Parlamento para su aprobación. Veremos qué sucede en esta ocasión.
El texto considera las pruebas diagnósticas complementarias esenciales para definir aquellos pacientes que son candidatos a un tratamiento específico con un medicamento, a través de la determinación cuantitativa o cualitativa de marcadores específicos que identifican los sujetos con mayor riesgo de desarrollar reacción adversa al medicamento o la identificación de los pacientes en la población para los que el producto terapéutico se ha estudiado de manera adecuada, y es seguro y efectivo. La forma como se evalúa la seguridad y eficacia queda al margen de los procesos equivalentes en los medicamentos y se mantienen las entidades certificadoras, si bien con cierto control adicional. Y la pregunta es la de siempre: ‘Quis custodiet ipsos custodes?’, ¿quien vigila al vigilante?. Este “cierto” control gubernamental será suficiente? O quizás cada estado lo resolverá a su propio estilo?.
El sistema europeo basado en la autoregulación, en entidades certificadoras privadas, queda lejos del sistema norteamericano donde las pruebas diagnósticas complementarias se regulan públicamente por la FDA. De esta forma, un medicamento que requiere una prueba diagnóstica queda regulado en Europa en dos ámbitos distintos, con requisitos de evaluación desiguales. En definitiva, estamos a las puertas de una regulación que es incapaz de tener en consideración que la validez y utilidad clínica en la medicina de precisión debe ser objeto de regulación pública directa.
El retraso regulatorio europeo en pruebas diagnósticas y suministros médicos es descomunal. A fecha de hoy se sigue un proceso para acceder al mercado que requeriría una revisión profunda de su impacto en términos de validez y utilidad clínica. La credibilidad de la evaluación se confirma siempre que existan criterios objetivos, fiables y homogéneos. Los mecanismos actuales de certificación son insuficientes para los objetivos que se esperan de una regulación avanzada. Del mismo modo que el escándalo de los implantes mamarios PIP recordaron la falta de garantía y control en suministros médicos, las pruebas diagnósticas requieren una regulación fiable que garantice seguridad y calidad, al mismo tiempo que aporte información sobre su efectividad. No hay opción para más demora. La nueva propuesta de regulación de pruebas diagnósticas necesita una mejora inmediata o, de otro modo, se convertirá en obsoleta a corto plazo.

 

23 de gener 2022

Precision medicine (2)

Discovering Precision Health: Predict, Prevent, and Cure to Advance Health and Well-Being


Introduction The Power of Precision Health 1

Chapter 1 The State of U.S. Health and Health Care Delivery 15

Chapter 2 There’s More to “Health” Than Health Care 33

Chapter 3 The Innovation and Disruption Powering Progress in Health 43

Chapter 4 Fundamental, Discovery‐Focused Research: The Foundation of Biomedical Breakthroughs 111

Chapter 5 Peering into the Future: Leveraging The Powers of Prediction to Help Prevent Illness 147

Chapter 6 Prevention as a Pathway to Health and Wellness 177

Chapter 7 Curing Disease with More Precise Medical Therapies 207

Conclusion Achieving Precision Health: The Opportunities—and Challenges—Ahead 237




31 de maig 2017

Controversies on QALYs

The Limitations of QALY: A Literature Review

After 50 years, valuing health using QALYs is still a daunting task. Basically the debate over ethical considerations, methodological issues and theoretical assumptions, and context or disease specific considerations is still alive. And I would add that it will remain as an open issue. Those that would like a simple metric for a complex issue will fail forever. And this pitfalls are translated to decision making when QALYs are the reference for resource allocation.
I'm unsure about what will be the next step. A recent article explains current limitations, but unfortunately I can't foresee alternative options for the future:

Debate continues to exist on whether QALYs should serve as the central means of health economics analysis. This review examines the potential shortfalls of QALYs, spanning current ethical, methodological, and contextual domains in addition to examining their suitability for regenerative medicine and future technologies. In the UK, NICE currently stipulates a threshold of £20 000 - £30 000 per QALY  when evaluating new therapeutics and/or technologies for NHS adoption, and has used this tool to apply a rational and transparent process to technological adoption for over ten years. Calculating QALY or cost effectiveness thresholds is particularly complex and debate has previously been publicized on whether the value of a QALY should be dictated by first proposing the worth of a QALY and setting the healthcare budget at or below that value, or alternatively, proposing a healthcare budget and then allowing the cost of a QALY to declare itself following purchasing decisions. With the advent of cellular based therapeutics and their comparably high upfront costs, the QALY calculation methodology may need refinement to realise the financial advantages and opportunity costs such interventions may convey – particularly considering the degree of uncertainty associated with them.
Meanwhile we should focus on improving comparative effectiveness of current and new technologies, specially those that are related to precision medicine.



 

 
Dr. Heisenberg's Magic Mirror of Uncertainty, 1998
 

20 d’agost 2018

Population-based genomic medicine in an integrated learning health care system

Patient-Centered Precision Health In A Learning Health Care System:Geisinger’s Genomic Medicine Experience
The Path to Routine Genomic Screening in Health Care
Medicine's future

If you want to know a latest development on the implementation of precision health, then Geisinger Health System is the place you have to go. And the Health Affairs article explains the details about the initiative and MyCode biorepository.
In 2014 the MyCode initiative began to conduct whole exome sequencing and  genotyping on collected samples, as part of a collaboration with Regeneron Pharmaceuticals and the Regeneron Genetics Center.12 Whole exome sequencing analyzes genes that code for proteins and associated gene regulatory areas—about 1–2 percent of the whole genome containing the most clinically relevant information. To date, nearly 93,000 exome sequences have been completed.
 The rapidly changing knowledge about gene-disease associations requires a process to reanalyze previously analyzed sequences and incorporate new knowledge about variants’ pathogenicity. Approximately 3.5 percent of participants have a reportable variant. As of January 2018, results had been reported to over 500 MyCode patient participants.
Interesting article, a private initiative of public interest. More info in: Science and Annals




09 de gener 2020

All you need to know about molecular diagnostics

Molecular Diagnostics Fundamentals, Methods, and Clinical Applications

Current advances in health sciences are available at the same time that diagnostic technology and knowledge provide new tools. This book is specially relevant because it summarises all the current state of the art on molecular diagnostics. Therefore a good suggestion for those who want to practice precision medicine.

Table of contents:
I. Fundamentals of Molecular Biology: An Overview
1. Nucleic Acids and Proteins
2. Gene Expression and Epigenetics
II. Common Techniques in Molecular Biology
3. Nucleic Acid Extraction Methods
4. Resolution and Detection of Nucleic Acids
5. Analysis and Characterization of Nucleic Acids and Proteins
6. Nucleic Acid Amplification
7. Chromosomal Structure and Chromosomal Mutations
8. Gene Mutations
9. DNA Sequencing
III. Techniques in the Clinical Laboratory
10. DNA Polymorphisms and Human Identification
11. Detection and Identification of Microorganisms
12. Molecular Detection of Inherited Diseases
13. Molecular Oncology
14. DNA-Based Tissue Typing
15. Quality Assurance and Quality Control in the Molecular Laboratory
Appendices
A. Study Questions Answers
B. Answers to Case Studies
Glossary
Index



17 de setembre 2015

Epigenetics contribution to clarify disease mechanisms

Epigenetics at the Crossroads of Genes and the Environment

You may find an updated definition of epigenetics in this JAMA article:
 Epigenetics refers to information transmitted during cell division other than the DNA sequence per se, and it is the language that distinguishes stem cells from
somatic cells, one organ from another, and even identical twins from each other. Examples include (1) DNA methylation, a covalent modification of the nucleotide cytosine, that is copied during cell division at CpG dinucleotides by the maintenance enzyme DNA methyltransferase I; (2) posttranslational modifications of nucleosome proteins about which the DNA double helix is wrapped; and (3) the density of  nucleosomes and higher-order packaging of chromatin within the nucleus, including its relationship to the nuclear lamina.
If this is so, why is the message of predictive genetics so widespread?. I've insisted on this issue before.
 The field of epigenetics and epigenetic epidemiology have much to do to improve measurement of epigenetic marks, inform natural variation in such marks, and the biological and population level relationships between genes, environment, and epigenetics. This is an important emerging area as it holds promise for better risk prediction in precision medicine as well as for clarification of disease mechanisms among the existing opaque landscape only partially informed by traditional genetic and environmental studies to date.
 A short and relevant article that provides hints for further reading.

PS. Epigenetic phenomena, from Nature.

17 de setembre 2020

How to set the drug market size in precision medicine

 EL SISTEMA NACIONAL DE SALUD ante la medicina de precisión

In this book you'll find my chapter with Carlos Campillo on "Los biomarcadores y la medicina de precisión", p.35

La medicina estratificada se caracteriza por la estrecha relación y dependencia entre el diagnóstico y la terapia farmacológica. La elección del punto de corte de un biomarcador (cut-off) determina la población sujeta a tratamiento y ello afecta a la rentabilidad del fármaco. La empresa farmacéutica anticipará la situación y decidirá si vale la pena situar en el mercado un medicamento estratificado o no. Además, según sea la perspectiva (pacientes o industria), las preferencias por un punto de corte diferirán y también según el tratamiento.

You'll find the details inside the chapter. 


 

10 de novembre 2018

Next generation sequencing is knocking at the door (and the door is open)

Genetic testing: Opportunities to unlock value in precision medicine
Next-Generation Sequencing to Diagnose Suspected Genetic Disorders
Documento de consenso sobre la implementación de la secuenciación masiva de nueva generación en el diagnóstico genético de la predisposición hereditaria al cáncer

This week I've been reading three pieces on the same topic. First, a McKinsey insight on genetic testing, second a NEJM basic article that reviews the whole state of the issue, and third a consensus by three societies on how to implement next generation sequencing .
All of them are required reading for anyone interested in the topic. You'll notice that technology is knocking at the door and we do need to understand how to manage it. Otherwise it will enter anyway (without knocking) and then it will be more value extraction (by others) than value creation (for patients).
Unfortunately, what you'll not find in these articles is how to manage the introduction of the technology with organizational patterns, allocation and coordination of tasks and decisions. If you want some clues on this, read my previous post on Geisinger, they are applying what it seems to me the most appropriate perspective.


Sense Sal-Fins que surti el sol

23 de febrer 2022

The long and bumpy road to CRISPR (4)

 The Genome Odyssey. Medical Mysteries and the Incredible Quest to Solve Them

El llibre "The Genome Odyssey: Medical Mysteries and the Incredible Quest to Solve Them" del Dr. Euan Angus Ashley narra els primers anys d'aventures després de la decisió d'explorar el món del genoma humà. A través de les seves pàgines, l'autor porta el lector a un viatge dins la ciència i la medicina del genoma humà, explicant històries de pacients la cura dels quals s'ha transformat pel coneixement del seu genoma. També presenta equips científics que l'autor ha liderat i admirat, i traça un camí des de les dades del genoma fins a l'acció mèdica.

El llibre està dividit en quatre parts principals:

Part I: Els primers genomes

Aquesta secció introdueix l'equip de l'autor i els seus esforços per desxifrar mèdicament alguns dels primers genomes seqüenciats. Comença amb la història d'un col·lega de Stanford que va examinar el seu propi genoma el 2009, un moment revelador que va portar l'equip a intentar aplicar totes les observacions genètiques humanes conegudes al seu genoma per comprendre millor els seus riscos de malaltia. L'autor també parla del fill del seu cosí, que va morir sobtadament a l'adolescència, i de com van utilitzar la seqüenciació genètica del seu teixit cardíac postmortem per intentar trobar respostes per a la seva família. Es descriu l'origen de la seqüència de referència humana a Buffalo, Nova York, i la història d'una estudiant de secundària que va portar les seqüències del genoma de tota la seva família a l'escola per a un projecte de ciències. L'autor explica com van estendre aquests esforços a les seves clíniques de Stanford i com van iniciar una empresa per ampliar l'impacte més enllà d'aquests murs. El primer capítol, "Patient Zero", presenta el cas de Parker, un nadó amb problemes d'alimentació, son i desenvolupament, la recerca del qual va iniciar un llarg viatge de proves sense diagnòstic clar. També es narra la trobada de l'autor amb Steve, un científic que estava analitzant el seu propi genoma, i el descobriment d'una variant en un gen relacionat amb la cardiomiopatia hipertròfica. Es destaca la importància de la història familiar com a eina diagnòstica. L'autor explica els components bàsics del genoma (ADN, bases ATGC, cromosomes) i la seva complexitat. També introdueix el concepte de gens i la part no codificant del genoma ("ADN escombraria") i la seva funció reguladora. Es descriuen les noves tecnologies de seqüenciació de genomes que permeten generar una gran quantitat de dades de manera ràpida i el procés bioinformàtic per organitzar aquestes dades comparant-les amb la seqüència de referència humana. L'equip va crear una base de dades de variants genètiques comunes i la va curar manualment per fer-la útil per a l'anàlisi. Es presenta PharmGKB, una base de dades de farmacogenòmica que relaciona variants genètiques amb la resposta als medicaments. La publicació del primer article de l'equip a The Lancet va ser un moment clau, i van abordar les qüestions ètiques i de consentiment relacionades amb la seqüenciació del genoma complet. Finalment, es discuteix l'ús de la seqüenciació del genoma en autòpsies moleculars per intentar comprendre les causes de la mort sobtada.

Part II: Detectius de malalties

En aquesta part, l'autor compara la medicina genòmica amb el treball de detectiu, on la lectura del genoma és la nova eina per resoldre "crims" diagnòstics. Es narren històries de pacients amb malalties no diagnosticades que han passat anys buscant respostes i les troben gràcies a la genòmica. Es descriu una xarxa nacional de detectius de malalties amb la missió d'acabar sistemàticament amb aquestes "odissees" diagnòstiques. Un cas destacat és el de Matt Might i el seu fill Bertrand, que va ser diagnosticat amb la deficiència de NGLY1, una malaltia rara descoberta gràcies a la col·laboració i la divulgació en línia. Es relata com la família Might va utilitzar un blog viral i la col·laboració amb altres científics per identificar altres casos i començar a buscar possibles tractaments. L'autor també parla de la creació de la Undiagnosed Diseases Network (UDN) i els seus èxits en el diagnòstic de malalties rares, que sovint condueixen a canvis importants en la cura dels pacients. S'explica el concepte de mosaicisme, on un individu té cèl·lules amb diferents composicions genètiques, i com això pot manifestar-se en malalties com la neurofibromatosi i en el cor d'una pacient anomenada Astrea.

Part III: Afers del cor

Aquesta secció se centra en els pacients cardíacs de l'autor. Es parla d'una aspirant a estrella de Broadway amb una cardiomiopatia dilatada i la perspectiva d'un trasplantament de cor. També es descriu com van intentar trencar rècords de velocitat de seqüenciació del genoma per diagnosticar i tractar una nounada el cor de la qual es va aturar cinc vegades el primer dia de la seva jove vida. Es relata la història d'un jove amb múltiples tumors creixent dins del seu cor i com van traçar la causa a una peça que faltava del seu genoma. També es parla d'una nena nascuda no amb un sinó amb dos genomes diferents. En aquesta secció, l'autor també introdueix la història de la nostra comprensió de les malalties del cor i la mort sobtada, les condicions que hi predisposen i els personatges destacats el treball dels quals va proporcionar les idees que ara utilitzem per tractar-les. Es descriu el descobriment del complex de Carney per Aidan Carney i la història del desenvolupament dels desfibril·ladors implantables (ICD) per Mordechai Mirowski. La secció inclou la història de Leilani, una pacient amb cardiomiopatia hipertròfica que va rebre un trasplantament de cor i el suport que va trobar en la Hypertrophic Cardiomyopathy Association (HCMA). També es menciona la recerca de Jim Spudich sobre la miosina i la seva rellevància per a la comprensió de la cardiomiopatia hipertròfica.

Part IV: Medicina de precisió acurada

En aquesta part final, l'autor mira cap al futur de la medicina. Discuteix com l'examen de superhumans (humans protegits de malalties pels seus genomes) pot ajudar a fer que la resta siguem una mica més "super". Descriu diversos dels nous i emocionants esforços per obtenir coneixements de la seqüenciació de milions d'humans, inclosa la Precision Medicine Initiative del president Obama i el Biobanc del Regne Unit. Es parla dels avenços en la curació i el tractament de malalties genètiques, inclosa la teràpia genètica, així com dels mètodes per desenvolupar fàrmacs tradicionals que es veuen impulsats per coneixements genòmics. Es narra la història d'Eric Dishman, la lluita contra el càncer i la seva defensa de la medicina de precisió. Es destaca la importància de les grans bases de dades genòmiques poblacionals, com gnomAD, per a la interpretació de variants genètiques i la comprensió de les malalties. L'autor conclou amb la història de Mila Makovec, una nena amb la malaltia de Batten per a la qual es va desenvolupar un tractament personalitzat basat en la comprensió del seu genoma.