Validesa i utilitat de l'òmica

Evolution of Translational Omics: Lessons Learned and the Path Forward

 L'"Òmica" és un terme que abasta múltiples disciplines moleculars, que impliquen la caracterització dels conjunts globals de molècules biològiques, com ara ADN, ARN, proteïnes, i metabòlits. Per exemple, la genòmica investiga milers de seqüències d'ADN, la  transcriptòmica investiga totes o moltes transcripcions de gens, la proteòmica investiga un gran nombre de proteïnes, i metabolòmica investiga grans conjunts de metabòlits.

Així comença el llibre de l'IOM sobre una qüestió fonamental de la medicina dels nostres dies.  I el més interessant és com explica la diferència entre l'òmica translacional i els biomarcadors. Malgrat la dificultat que presenta l'avaluació d'un biomarcador, els reptes al que s'enfronta l'òmica són molt superiors. Diu clarament a l'inici:

The complexity of omics research also makes data provenance more challenging and makes sharing of the complex data sets and computational models difficult, which limits the ability of other scientists to replicate and verify the findings and conclusions of omics research studies. Database repositories for genomic data sets are available, but data sharing is not routine, and  without access to the data sets or a precisely defined computational model, replication and  verification are more difficult than for single biomarker tests. While independent confirmation studies are expensive, the need for replication is beneficial in the omics field given the data  complexities that can lead to errors, from simple data management errors to incorrectly  designed computational models. This level of complexity does not exist for single-biomarker  test research, development, and validation.

Massa sovint es vol fer passar aquesta complexitat com inadvertida. I afegeix:

Many hope that the promise that omics science holds for medicine and public health will be realized. With the creation of high-throughput measurement technologies, it is now feasible to take a snapshot of a patient’s molecular profile at specific stages in the progression of disease pathology or at a given location in the body. However, the complexity of these technologies and of the resulting high-dimensional data introduces major challenges for the scientific community, as rigorous statistical, bioinformatics, laboratory, and clinical procedures are required to develop and validate these tests and evaluate their clinical usefulness.

Sobre el tipus de dades òmiques heu d'anar a la pàgina 40 i llegir-ho amb deteniment. Quan un acaba de comprendre el que s'explica de forma planera, aleshores s'adona que els que venen genoma i prou s'han quedat curts, la complexitat és notòria. I en especial la referent a l'epigenoma, del que ja n'he parlat repetidament en aquest blog. El capítol sobre avaluació de les proves esdevé clau. Només fa referència a validesa analítica i clínica, però és el principi sense el qual tots aquells que es plantegin fer cost-efectivitat no podran treballar. I cap al final trobo aquesta conclusió:

 A well-designed test development plan addresses a clinically meaningful question and employs rigorous test discovery, development, and validation procedures. This includes locking down all aspects of an omicsbased test prior to evaluation for clinical utility and use and avoiding overlap between discovery and validation specimens. Choosing an appropriate clinical/biological validation strategy and interacting with FDA prior to initiation of validation studies also reflect a well-designed test development plan. Making data and code available are critical aspects of test development because it enables external verification of the results and generation of additional insights that can advance science and patient care.

El rigor s'imposa i traduir la recerca en aplicacions obliga a comprendre el valor que aporten a la societat. El camí és llarg malgrat sovint apareix als diaris com que és bufar i fer ampolles.

PS. Es poden patentar les proves genòmiques? Avui un tribunal decideix, ho trobareu a WSJ.

PS. Ekaizer a 8TV, fonamental. I també a RAC1

PS. Al Diccionario RAE queda més clar encara: macarra. 1. adj. Dicho de una persona: Agresiva, achulada.

Eliseu Meifren, podeu veure'l a Sant Feliu de Guixols, paga la pena.

L'especulació epigenètica

Fa deu anys de la publicació per Science i Nature de la seqüenciació del genoma. Ara Science ens explica com ho veuen algun dels autors. Entre ells en Craig Venter, destaco:

Although many “genome” companies and researchers are promoting personal genomics for medicine and/or life choices, regulation of data quality and standards is lacking, which has made deceptive marketing a reality in some instances. We have sequence and genetic data quality that is suitable for some scientific analyses but no standards adequate for clinical practice or even for informing individuals of results that exist. We have come a long way in genomics; however, for genome sequencing to reach its full potential we still have a long way to go. 

Com veieu, un llarg camí per endavant. I han passat deu anys, i les prediccions s'han quedat al calaix per ara. Però possiblement s'està coent el més important i ja fa dies que ho sabem que amb la genètica no n'hi ha prou, entendre el paper de l'epigenètica esdevé clau. Si és així, com és que encara segueixen venen la moto de la medicina predictiva tan alegrement?. M'interessa el que està succeint en aquest camp, i en especial a Epizyme una empresa capdavantera en la qüestió. Per a entendre l'aproximació epigenètica a la teràpia del càncer podeu consultar un article de dos investigadors seus. Es tracta de pura especulació o hi ha una hipòtesi fonamentada que podrem contrastar ben aviat?

 

Parella en vespa (i un llarg camí per recórrer) de Gabriel Pérez-Bolaño 

PD. Excepcionalment avui us ofereixo el que vaig escriure fa una dècada amb motiu de la publicació del genoma. Es va recolllir en el llibre "En la salud y en la enfermedad", ja fa anys d'això. Aleshores jo parlava de proteòmica i ara el focus ha passat a l'epigenètica. El que escrivia aleshores segueix essent vigent.

El día después del genoma
La semana pasada fuimos testigos de un avance excepcional en la ciencia: la publicación de los resultados del proyecto genoma humano. Sin duda se trata de un acontecimiento excepcional que nadie hubiera considerado posible tan pronto. Ninguno de los mejores pronósticos de hace unos años pensaba que lo tendríamos a nuestro alcance en febrero de 2001. Y lo que nadie imaginaba es que un proyecto privado iniciado en 1998 fuera capaz de publicar los datos del genoma humano al mismo tiempo que el consorcio público iniciado a principios de los 90.
Pero ¿cuál es la gran pregunta para los científicos ahora? La cuestión fundamental es cómo surgió el código genético universal, es decir el diccionario que traduce el lenguaje de los genes al lenguaje de las proteínas. Ni los genes ni las proteínas sirven de nada sin ese diccionario y la paradoja es que el propio diccionario está hecho de genes y proteínas.
El impacto verdadero para el sector sanitario se producirá el día en que seamos capaces de encontrar cuáles son los genes que producen proteínas que permitan curar enfermedades al igual a como lo hacen los medicamentos efectivos en determinadas enfermedades.
Los desarrollos de la empresa privada Celera han sido objeto de controversia. En realidad, Celera forma parte de Applera Corporation, quien ha decidido extender su actividad a la producción de medicamentos. De esta forma se pretende cerrar el círculo. Con la genómica no nos llegarán todavía los nuevos medicamentos, será la proteómica la que transformará la producción de medicamentos y a su vez cómo conocemos la medicina y la asistencia sanitaria. No será sólo la genómica la que permitirá descubrir nuevos medicamentos sino aquellos esfuerzos que sepan aprovechar los nuevos conocimientos de la proteómica y lo transformen en aplicaciones concretas. Este es el nuevo horizonte de los medicamentos personalizados en el que entramos en el nuevo milenio. La gran duda es cómo podremos financiarlos. Si ahora ya tenemos una tendencia expansiva de gasto farmacéutico, no es aventurado pensar que esta tendencia será todavía mayor.
27 de febrero de 2001