Friday, July 20, 2012

Validesa i utilitat de l'òmica

Evolution of Translational Omics: Lessons Learned and the Path Forward
 L'"Òmica" és un terme que abasta múltiples disciplines moleculars, que impliquen la caracterització dels conjunts globals de molècules biològiques, com ara ADN, ARN, proteïnes, i metabòlits. Per exemple, la genòmica investiga milers de seqüències d'ADN, la  transcriptòmica investiga totes o moltes transcripcions de gens, la proteòmica investiga un gran nombre de proteïnes, i metabolòmica investiga grans conjunts de metabòlits.
Així comença el llibre de l'IOM sobre una qüestió fonamental de la medicina dels nostres dies.  I el més interessant és com explica la diferència entre l'òmica translacional i els biomarcadors. Malgrat la dificultat que presenta l'avaluació d'un biomarcador, els reptes al que s'enfronta l'òmica són molt superiors. Diu clarament a l'inici:
The complexity of omics research also makes data provenance more challenging and makes sharing of the complex data sets and computational models difficult, which limits the ability of other scientists to replicate and verify the findings and conclusions of omics research studies. Database repositories for genomic data sets are available, but data sharing is not routine, and  without access to the data sets or a precisely defined computational model, replication and  verification are more difficult than for single biomarker tests. While independent confirmation studies are expensive, the need for replication is beneficial in the omics field given the data  complexities that can lead to errors, from simple data management errors to incorrectly  designed computational models. This level of complexity does not exist for single-biomarker  test research, development, and validation.
Massa sovint es vol fer passar aquesta complexitat com inadvertida. I afegeix:
Many hope that the promise that omics science holds for medicine and public health will be realized. With the creation of high-throughput measurement technologies, it is now feasible to take a snapshot of a patient’s molecular profile at specific stages in the progression of disease pathology or at a given location in the body. However, the complexity of these technologies and of the resulting high-dimensional data introduces major challenges for the scientific community, as rigorous statistical, bioinformatics, laboratory, and clinical procedures are required to develop and validate these tests and evaluate their clinical usefulness.
Sobre el tipus de dades òmiques heu d'anar a la pàgina 40 i llegir-ho amb deteniment. Quan un acaba de comprendre el que s'explica de forma planera, aleshores s'adona que els que venen genoma i prou s'han quedat curts, la complexitat és notòria. I en especial la referent a l'epigenoma, del que ja n'he parlat repetidament en aquest blog. El capítol sobre avaluació de les proves esdevé clau. Només fa referència a validesa analítica i clínica, però és el principi sense el qual tots aquells que es plantegin fer cost-efectivitat no podran treballar. I cap al final trobo aquesta conclusió:
 A well-designed test development plan addresses a clinically meaningful question and employs rigorous test discovery, development, and validation procedures. This includes locking down all aspects of an omicsbased test prior to evaluation for clinical utility and use and avoiding overlap between discovery and validation specimens. Choosing an appropriate clinical/biological validation strategy and interacting with FDA prior to initiation of validation studies also reflect a well-designed test development plan. Making data and code available are critical aspects of test development because it enables external verification of the results and generation of additional insights that can advance science and patient care.
El rigor s'imposa i traduir la recerca en aplicacions obliga a comprendre el valor que aporten a la societat. El camí és llarg malgrat sovint apareix als diaris com que és bufar i fer ampolles.

PS. Es poden patentar les proves genòmiques? Avui un tribunal decideix, ho trobareu a WSJ.

PS. Ekaizer a 8TV, fonamental. I també a RAC1

PS. Al Diccionario RAE queda més clar encara: macarra. 1. adj. Dicho de una persona: Agresiva, achulada.


Eliseu Meifren, podeu veure'l a Sant Feliu de Guixols, paga la pena.

No comments:

Post a Comment