La capacitat predictiva de les proves genòmiques

Gene Maps Are No Cure-All

Les quatre característiques diferencials de les proves genòmiques es que són determinacions inespecífiques, d'alta validesa analítica, baixa validesa clínica i utilitat clínica problemàtica.  Això és el que ens explica un article a BMC Medical Ethics. I només a partir de la comprensió d'aquestes característiques es possible començar a parlar de les implicacions ètiques, legals i socials.
Doncs bé, avui llegia a WSJ la notícia sobre la baixa capacitat predictiva de les proves genòmiques completes (i per tant inespecífiques) a partir d'un estudi publicat a Science Translational Medicine, un contrast de la seva baixa validesa i utilitat clínica.
El resum diu:

New DNA sequencing methods will soon make it possible to identify all germline variants in any individual at a reasonable cost. However, the ability of whole-genome sequencing to predict predisposition to common diseases in the general population is unknown. To estimate this predictive capacity, we use the concept of a “genometype”. A specific genometype represents the genomes in the population conferring a specific level of genetic risk for a specified disease. Using this concept, we estimated the capacity of whole-genome sequencing to identify individuals at clinically significant risk for 24 different diseases. Our estimates were derived from the analysis of large numbers of monozygotic twin pairs; twins of a pair share the same genometype and therefore identical genetic risk factors. Our analyses indicate that: (i) for 23 of the 24 diseases, the majority of individuals will receive negative test results, (ii) these negative test results will, in general, not be very informative, as the risk of developing 19 of the 24 diseases in those who test negative will still be, at minimum, 50 - 80% of that in the general population, and (iii) on the positive side, in the best-case scenario more than 90% of tested individuals might be alerted to a clinically significant predisposition to at least one disease. These results have important implications for the valuation of genetic testing by industry, health insurance companies, public policy makers and consumers.

Està clar que només ens parla de la seqüenciació completa i la predisposició a 24 malalties. No es refereix a les proves dirigides a simptomes i malalties en concret. El tema és prou conegut, i n'he parlat en aquest blog. Encara no sé com pot ser notícia si no fos perquè això pot fer variar la valoració d'Illumina, que aquests dies vol ser comprada per 6.700 milions de dòlars i d'aquesta manera evitaria desembutxacar-se més doblers. Alguns inversors segurament pensen que aquesta tecnologia de seqüenciació completa del genoma individual l'encolomaran com predictiva malgrat no ho sigui i cal treure'n rendiment mentre el regulador segueixi de vacances. D'altres pensen que efectivament servirà per crear valor i millorar la salut.
De vegades penso que la dificultat resideix en el pànic que produeix un full en blanc a qui ha de posar-se a escriure. Aquest fet porta un dia a publicar una cosa i l'altre la contrària. Només el lector avesat en aquests afers sap comprendre quan l'estan engatussant. Ara bé, avui al WSJ han fet una cosa poc habitual que s'agraeix, mostren el finançament i conflictes d'interès dels autors de l'article a Science i diuen:

The new study was funded by the National Institutes of Health and a number of independent groups. Dr. Vogelstein and two co-authors are founders of Inostics and Personal Genome Diagnostics and own stock in the two gene-analysis companies.

Atès que la conclusió de l'article podria afectar negativament als drets residuals de propietat dels autors, ens trobem davant un cas singular de revelació de resultats negatius de recerca, fet altament inusual quan hi ha interessos pel mig.

El resultats de pagar segons rendiment

The Long-Term Effect of Premier Pay for Performance on Patient Outcomes

Ja sabeu que als USA el tema de moda és pay for performance. I al NEJM en parlen aquesta setmana. Anava a escriure un comentari i resulta que l'Incidental Economist l'ha escrit en un sentit similar al que jo desitjava fer. Així doncs us dirigeixo cap allà.
Resum: tota precaució és poca, i l'impacte esdevé complex d'identificar.

PS. Contra els peatges espanyols.

Inhabilitació

Fa pocs dies el Parlament va aprovar una resolució per accedir als serveis de salut públics abans de 6 mesos per una intervenció i en 48 hores per visita a l'atenció primària. Ja sabeu que el 14% de disminució de pressupost ha suposat un 42% d'augment a les llistes d'espera. La llista d'espera mitjana a finals de desembre passat és de 4,57 mesos i es troba per sota dels 6 mesos garantits. En el cas de la pròtesi de maluc hi ha una espera de 6,7 mesos però les altres es troben per sota. El tema és que hi ha regions sanitàries que tenen dificultats d'accés en més d'una intervenció i aquí és on la garantia s'hauria d'aplicar. El problema per tant es resoldria aprofitant al màxim la capacitat instal.lada en aquestes regions. I això no és possible sense més recursos per assumir-ne els costos variables que representen les prestacions (les pròtesis per exemple).Doncs bé, considero que un Parlament ha d'estar incapacitat per a prendre mesures que són incoherents amb decisions aprovades anteriorment de les quals en depenen els resultats. Abans ha de canviar les decisions anteriors. Em refereixo que hi ha un pressupost aprovat de fa poques setmanes i que no veig cap augment del 14% sino una disminució del 5%, per tant disminució acumulada del 19%. Això vol dir que per resoldre la llista d'espera cal almenys un augment substancial del pressupost, qüestió que no és possible ni va ser acordada. Només aquest fet hauria d'invalidar l'acord pres per tots els grups de l'oposició en contra del govern.
De la mateixa manera que cal inhabilitar els polítics que gasten pressupostos inexistents, cal aplicar la mateixa norma quan es decideixin més prestacions sense pressupost. En aquest darrer cas, això obligaria ara a eleccions anticipades.

PS. En el tràmit parlamentari de la disposició que inhabilitarà polítics addictes al dèficit, hi ha temps encara per introduir esmena equivalent per a polítics addictes a prestacions sense fons.

El camí cap a la integració assistencial (2)

Primary Care and Public Health: Promoting Integration to Improve Population Health

Des de l'altra banda de l'Atlàntic, l'IOM ens ofereix més elements sobre la integració assistencial, aquesta vegada enfocant l'atenció primària i la salut pública. L'informe va enfocat a com millorar la salut poblacional:

Improving population health will require activities in three domains: (1) efforts to address social and environmental conditions that are the primary determinants of health, (2) health care services directed to individuals, and (3) public health activities operating at the population level to address health behaviors and exposures. There is abundant evidence for the benefit and value of activities in each of these domains for achieving the aim of better and more equitable population health

Dins hi trobareu case studies, de ciutats com Durham, que conec prou bé, o San Francisco, que també, ateses les destacades universitats que tenen en tema salut. Però quan ho llegeixo m'entra un cert dubte. Semblaria que els casos van per una banda i la realitat per una altra. I és que la integració té sentit quan més ampli és el seu impacte, si s'oblida de l'atenció especialitzada aleshores perd força. Allò que deiem ahir, un llarg camí per endavant.

PS. El dia 1 de maig toca anar a King's Fund:International Integrated Care Summit

PS. Qui et pot tornar 2 anys de la teva vida passats injustament a la presó?. Llegiu aquest relat. Mentrestant ahir veia delinqüents campant per la ciutat impunement.

 I com que l'exposició de Joan Miró, "L'escala de l'evasió" ja s'ha acabat, us resta l'oportunitat de veure escultures seves a Yorkshire, com aquesta que encapçalava el comentari de FT de fa uns dies.

El camí cap a la integració assistencial

 National Evaluation of the Department of Health’s Integrated Care Pilots

Els anglesos acaben de publicar l'avaluació dels experiments d'integració assistencial. És el document d'interès del moment. A la p.60 trobem una taxonomia necessària en aquests casos:

Integration at system level
Micro-level integration – Integration within an organisation aiming to improve coordination for individual patients.
Meso-level integration – Integration among practitioners working in different organisations, often for benefit of a patient group or defined population.
Macro-level integration – Integration of the purchaser with primary and/or secondary care
(e.g., HMOs such as Kaiser Permanente or the United States Veterans Health Administration).

Integration at organisational level
Organisational integration – Organisations are brought together by mergers, through structural change, through collectives and/or virtually through formal provider networks (i.e., HMOs).
Functional integration – Non-clinical support or back office functions are integrated, such as electronic patient records.
Service integration – Different health and/or social services are integrated, e.g., through the formation of multidisciplinary teams.
Clinical integration – Multiple care processes are integrated into a single or coherent process within and/or across professions, e.g., through the use of shared guidelines or protocols for care of a clinical condition.

Dues qüestions clau, cost i qualitat:

Can the approach to integrated care found in these pilots improve quality of care? We conclude that it can if well led and managed, and tailored to local circumstances and patient needs. Improvements are not likely to be evident in the short term.Can the approaches to integrated care found in these pilots save money? Our conclusions concur with those of Ovretveit (2011)12 – not in the short term and certainly not inevitably.

L'informe és d'interès i és una mostra com després d'un programa pilot cal avaluar les seves aportacions. Cal aprendre allò que funciona i allò que cal millorar. El camí cap a la integració assistencial és llarg i ple de paranys, aprofitem tot el que poguem aprendre dels que ja l'han fet abans que nosaltres.

PS. En Jaume Ventura a El Temps, una explicació pedagògica sobre la crisi econòmica.

Quan les patents bloquegen la innovació

Biomedical Patents

Ja fa temps em vaig referir al cas de Prometheus, un laboratori que ofereix una prova diagnòstica que permet determinar la dosi acurada d'un medicament:

A method of optimizing therapeutic efficacy for treatment of an immune-mediated gastrointestinal disorder comprising two steps: (a) administering one of a class of drugs (thiopurines) and (b) determining the level of a specified metabolite, "wherein" a level below a given threshold "indicates a need to increase the amount of said drug subsequently administered" [to improve efficacy], and a level above the threshold "indicates a need to decrease the amount of said drug subsequently administered" [to avoid toxicity]. 

Aleshores vaig dir que s'havia obert la caixa dels trons perquè havien guanyat el cas, doncs bé ha anat a parar al Tribunal Suprem i l'han perdut. Aquesta és una bona notícia per als ciutadans, i menys bona per Nestlé que n'és el propietari. És rellevant perquè aleshores ja vaig dir que patentar les lleis de la natura representaria una barrera a l'accés a d'altres innovacions. Els de Genomic law report ho resumeixen així:

The laws of nature involved here are the "relationships between concentrations of certain metabolites in the blood and the likelihood that a dosage of a thiopurine drug will prove ineffective or cause harm." The legal question then becomes, "do the patent claims add enough to their statements of the correlations to allow the processes they describe to qualify as patent-eligible processes that apply natural laws?" For all nine members of the Court, the answer was a clear no.

I per a mi encara és més rellevant tenir en compte que han acabat al Suprem perquè han estat els metges qui han encetat novament el procés. L'American Medical Association i altres grups de metges s'han plantat contra el laboratori i les empreses de biotecnologia. Em costa d'imaginar una cosa semblant per aquí aprop, tot i que em sembla absolutament acurat. El seu argument és que patentar lleis de la natura privarà la recerca en el futur i els han donat la raó. Altrament les patents que suposadament serveixen per promoure la innovació provocarien l'efecte contrari, fet que ja passa en determinades ocasions.
Veurem si després d'això, Europa reacciona. Per ara el que ens cal és un millor comprensió de la situació i reaccionar assenyadament. A UK han editat un opuscle per als diputats que convindria que tots els d'aquí el llegissin quan més aviat millor.

PS. A NEG sobre el tema de patents.

El naixement molecular d'una malaltia

Personal Omics Profiling Reveals Dynamic Molecular and Medical Phenotypes
 
La pràctica de la medicina tal com l'hem coneguda fins avui tindrà una evolució natural mitjançant la incorporació de les disciplines òmiques. Si d'això se n'ha especulat des de fa anys, ara a Cell podeu trobar com un professor d'Stanford relata l'evolució del seu perfil òmic personal. Analitza què passa durant dos anys, com apareix una malaltia i quina és la reacció molecular del cos. Explica com descobreix el risc de diabetis i, quan es confirma la malaltia, què fa a partir d'aleshores. O també què succeeix davant una infecció viral.
És aquest "Integrative Personal Omics Profile- iPOP" el que permet comprendre què està passant al cos.Això és del tot nou i cal tenir present que la fascinació davant troballes com aquesta requereix tocar de peus a terra. Traduir aquest experiment cap una nova forma de medicina suposa uns canvis radicals, en citaré només dos de fonamentals. El primer és com el govern és capaç de posar ordre a la informació privada sobre la predisposició al risc d'emmalaltir. Si el Riskogram es manté com una caixa negra, aleshores cal estar preparats pel pitjor. Molts recursos abocats en una creació de valor incerta. Només un regulador proactiu obligant a difondre estàndars amb codi obert, limitarà un potencial d'una medicina opaca, ho he explicat repetidament en aquest blog (en aquest PS. per exemple). El segon es refereix a la necessitat de revisar organitzativament els serveis evitant monopolis de coneixement, és a dir que algú aprofiti l'òmica per objectius diferents dels que es pretenen. Algú hauria de reflexionar per exemple sobre què està passant amb el consell genètic i com caldria que s'organitzés en un sistema de salut.
Per sobre de tot això algú haurà d'explicar el cost-efectivitat  de les òmiques per al diagnòstic de malalties. I ho haurà de fer amb la solidesa necessària, perqùe la pressió per aplicar-les sense escrúpols serà més forta que mai.
Aquest relat del naixement molecular d'una malaltia és sens dubte el pròleg d'una altra medicina i un altre sistema de salut. Ho seguirem atentament.