Canviant la funció de producció de les proves diagnòstiques

 Real-Time, Multiplexed SHERLOCK for in Vitro Diagnostics

Durant la pandèmia es va produir una innovació notable a la tecnologia de proves diagnòstiques. Va passar desapercebuda per alguns, però no pels que llegiu aquest blog. Es tracta d'utilitzar CRISPR que inicialment s'ha desenvolupat per a edició genètica, per a la detecció d'àcids nucleïcs en un sol pas, i per tant també de Sars-COV-2. La dificultat d'aplicació que tenia aquella prova, que va rebre el vist-i-plau de la FDA era que el procés no es podia automatitzar, i per tant calia amplificació prèvia. Ara acaba de publicar-se la prova definitiva que pot capgirar moltes coses, i que per tant pot canviar la funció de producció dels laboratoris. La troballa d'enzims termoestables ha estat la qüestió clau per a l'èxit de l'equip de Feng Zhang.

Cal dir que la companyia rival, Mammoth Biosciences, de Jennifer Doudna,  també té en marxa una prova similar: DETECTR BOOST.

I ara ja ha començat el procés de patentar enzims. Tant per una empresa com per l'altre. I això esdevé inadmisible si el que es pretén patentar la natura o variacions sobre la natura. Però ningú se n'està adonant , als USA ja s'ha fet tard, però a Europa encara hi som a temps.

N'estic segur que les patents, una vegada més, limitaran l'accés a aquesta gran innovació.

Cartier-Bresson

PS. Per si voleu saber com funciona DETECTR BOOST

PS. Per tal de comprendre l'abast del que signifiquen les proves diagnòstiques basades en CRISPR el millor és consultar un article de revisió com aquest. I la taula següent conté les dades bàsiques:

Characteristics of reported CRISPR-based diagnostics

From: CRISPR-based diagnostics

Name	Enzyme	Preamplification	Assay timea (min)	Sample preparation	Readout	Applications	LODc (mol l−1)	LODc (copies per ml)3	References
CRISPR type II
NASBACCb	Cas9	NASBA	120–360 (one pot)	Column-based or crude extraction	Colometry	Discrimination between African and American ZIKV	1.0 × 10–15	6.0 × 105	25
CRISPR–Chip	Cas9	–	15	Column-based	Electrochemical	Detection of gDNA from cell lines and DMD patients	2.3 × 10–15	1.4 × 106	45
CRISDA	Cas9 nickase	SDA	90	Column-based	Fluorescence	Detection of gDNA; breast-cancer-associated SNPs in cell lines	2.5 × 10–19	1.5 × 102	27
FLASH	Cas9	PCR	NS	Column-based	NGS	Detection of gDNA; antimicrobial resistance genes in clinical samples	1.9 × 10–18	1.1 × 103	71
CAS-EXPAR	Cas9	EXPAR	60	Chemical (phase separation)	Fluorescence	Sensing of methylated DNA; L. monocytogenes mRNA	8.2 × 10–19	4.9 × 102	91
Cas9nAR	Cas9 nickase	Strand-displacing DNA polymerase	60	Column-based	Fluorescence	Detection of bacteria (S. typhimurium, E. coli, M. smegmatis, S. erythraea); detection of KRAS SNPs in cell lines	1.7 × 10–19	1.0 × 102	111
CRISPR type V
DETECTR	Cas12a	RPA	10 (RPA) and 60–120 (CRISPR)	Crude extraction	Fluorescence	Detection of HPV16 and HPV18 in human samples	1.0 × 10–18	6.0 × 102	36
Cas14-DETECTR	Cas14 (Cas12f)	PCR	NS (PCR) and 120 (CRISPR)	Crude extraction	Fluorescence	Detection of HERC2 SNPs in human samples	n.s.	6.0 × 103	41
HOLMES	Cas12a	PCR	88 (PCR) and 15 (CRISPR)	Column-based	Fluorescence	SNP discrimination in cell lines and human samples; detection of viruses (PRV, JEV); virus-strain discrimination	1.0 × 10–17	6.6 × 103	37,38
CRISPR-materials	Cas12a	RPA	40 (RPA) and 240 (CRISPR)	Synthetic targets	Fluorescence or μPAD (visual and electronic)	Detection of EBOV synthetic RNA	1.0 × 10–17	6.6 × 103	79,80
CDetection	Cas12b	RPA	10 (RPA) and 60–180 (CRISPR)	Synthetic targets or crude extraction	Fluorescence	Detection of HPV16; human ABO blood genotyping; BRCA1 and TP53 SNPs	1.0 × 10–18	6.0 × 102	112
HOLMESv2	Cas12b	LAMP	40 (LAMP) and 35 (CRISPR) or 120 (one pot)	NS	Fluorescence	SNP discrimination in cell lines; RNA virus detection (JEV); human mRNA and circular RNA detection; DNA methylation	1.0 × 10–17	6.0 × 103	39
E-CRISPR	Cas12a	–	30–180	Synthetic targets (nucleic acids)	Electrochemical	Detection of viruses (HPV16, PB19) and protein (TGF-ß1)	5.0 × 10–11	3.0 × 1010	77
CRISPR type VI
–	Cas13	–	NS	NS	Fluorescence	Detection of human mRNA; detection of bacteriophage λ-RNA	1.0 × 10–12	6.0 × 108	30,31
SHERLOCK	Cas13	NASBA or RPA	132 (NASBA) or 120 (RPA) and 60–180 (CRISPR)	Column-based or crude extraction	Fluorescence	Detection of viruses (ZIKV, DENV) and bacteria (E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, M. tuberculosis, S. aureus); discrimination between virus strains; detection of SNPs	2.0 × 10–18	1.2 × 103	32
SHERLOCKv2b	Cas13	RPA	60 (RPA) and 60–180 (CRISPR) or 60–180 (one pot)	Column-based or crude extraction	Fluorescence or lateral flow	Detection of viruses (ZIKV, DENV) and bacteria (P. aeruginosa, S. aureus); discrimination between virus strains; detection of SNPs	8.0 × 10–21	4.8	22,34
SHINEb	Cas13	RPA	50 (one pot)	Crude extraction	Fluorescence or lateral flow	Detection of SARS-CoV-2	8.3 × 10–18	5.0 × 103	62
STOPCovidb	Cas12b	LAMP	60 (one pot)	Crude extraction	Fluorescence or lateral flow	Detection of SARS-CoV-2	3.3 × 10–18	2.0 × 103	63
CARMEN	Cas13	PCR or RPA	20 (RPA) and 180 (CRISPR)	Column-based	Fluorescence	Detection of 169 viruses; subtyping of influenza A strains; detection of HIV drug-resistant mutations	9 × 10–19	5.4 × 102	67
APC-Cas	Cas13	Allosteric-probe-initiated amplification with DNA polymerase	110 (APC) and 30 (CRISPR)	None	Fluorescence	Detection of S. enteritidis	One colony-forming unit	–	92
	Cas13	–	<240	Column-based	Electrochemical	Detection of microRNAs (miR-19b and miR-20a)	1 × 10–11	6.0 × 109	46
PECL-CRISPR	Cas13	EXPAR	30 (CRISPR), 30 (phosphorylation of pre-trigger), 30 (EXPAR)	Column-based	Electrochemiluminescence	Detection of microRNAs (miR-17, let‐7 family miRNAs)	1.0 × 10–15	6.0 × 105	78

1. NS, not specified; APC-Cas, allosteric probe-initiated catalysis and CRISPR-Cas13a system; BRCA1, breast cancer 1 gene; circRNA, circular RNA; Cas9nAR, Cas9 nickase-based amplification reaction; CRISDA, CRISPR–Cas9-triggered nicking endonuclease-mediated strand-displacement amplification; DENV, dengue virus; DMD, Duchenne muscular dystrophy; EBOV, Ebola virus; E. coli, Escherichia coli; HERC2, HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2 gene; HPV, human papillomavirus; JEV, Japanese encephalitis virus; K. pneumoniae, Klebsiella pneumoniae; KRAS, KRAS proto-oncogene GTPase; M. smegmatis, Mycobacterium smegmatis; M. tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis; PECL, portable electrochemiluminescence chip; P. aeruginosa, Pseudomonas aeruginosa; PB19, parvovirus B19; PRV, pseudorabies virus; S. erythraea, Saccharopolyspora erythraea; S. aureus, Staphylococcus aureus; S. enteritidis, Salmonella enteritidis; S. typhimurium, Salmonella typhimurium; TP53, tumour protein P53 gene.
2. aAssay time indicates the approximate incubation time most frequently used in the referred study (different assay times can be reported, depending on the intended sensitivity and the readout).
3. bPOC compatibility indicates whether the entire assay as reported—including sample preparation (that is, crude extraction) and readout—can be performed at POC or in the field with minimal equipment.
4. cLimits of detection cannot always be directly compared across studies, in particular because some studies did not report how the LOD was determined, or reported the target concentration either in the transport media of the sample or in the final reaction. The LODs shown here reflect the optimal LODs reported. In general, LODs depend on the type of input material (raw or synthetic), type of readout and incubation time.

El trilerisme pressupostari (3)

Informe Mensual d’Execució

Ja hi som al cap del carrer. S'acaba d'augmentar un 9,3% el pressupost de salut. Sorgeix la llum des de la foscor dels comptes pressupostaris públics. Una nova maniobra de trilerisme pressupostari s'ha consumat. Vaig dir el març passat:

Les despesa pública en salut per la Generalitat del 2022 ha estat de 13.331 milions € (p.78). Per tant el pressupost d'enguany és inferior en 1.118 milions € al de l'any anterior. Això vol dir que la despesa real per càpita ha estat de 1.710€ el 2022. I així queda clar, el pressupost per ciutadà de 2023 és inferior en un 9,6% al que hem gastat el 2022.

Resulta que el mes d'abril passat es va aprovar una ampliació de crèdit pressupostari per import: 1.047 milions d'euros, que amb diverses variacions a finals de maig s'ha convertit en un augment pressupostari de 1.085 milions d'euros. Això vol dir que si el pressupost inicial era de 11.635 milions, ara és de 12.720 milions, s'ha augmentat en un 9,3% el pressupost!!!. N'heu sentit a parlar d'això? oi que no?.

Doncs el motiu és que aquest augment del pressupost és fals perquè la despesa ja es va fer l'any passat sense pressupost. El que s'ha aprovat és per tapar forats (factures) de l'any passat. I fixeu-vos que malgrat aquest augment, encara no s'arriba a un pressupost de despesa com el que vam tenir l'any passat.

El trilerisme pressupostari es basa en això. En disposar de mecanismes per gastar a discreció sense control pressupostari efectiu, en fer creure allò que no és. Uns saben on és la boleta però els ciutadans no. I atenció, un petit paràgraf a la p.66 ens alerta que l'execució pressupostària acumulada a maig ja es troba un 16% per sobre la de l'any passat. I no passa res. Algú és responsable d'alguna cosa? Algú pot demanar responsabilitat d'aquesta disbauxa pressupostària?. Any rera any es repeteix el mateix, sorprèn desagradablement que no hi hagi una manera raonable de posar-hi seny.

La mesura multifuncional de les capacitats

 Consens d’escales i eines per a la valoració multidimensional de les persones a Catalunya

Faig una ullada a aquest document i veig que serveix per posar ordre a una qüestió que en general va desordenada. Em refereixo al nivell de subjectivitat inherent dels professionals quan no hi ha un instrument que pretén homogeneitzar la informació sobre les capacitats i estat d'ànim individual. I mentre que en l'àmbit funcional i cognitiu el que es proposa és prou conegut i utilitzat, en d'altres àmbits hi ha un camí per recórrer. Em sorprèn tant de consens amb l'Euroqol com a mesura de qualitat de vida, jo senzillament no l'utilitzaria. El motiu és la classificació discreta que fa i l'agregació en tarifes. Les propietats necessàries de mesura i agregació no es compleixen amb una expressió ordinal i discreta, d'un problema que és continu i difús. Crec que molta gent no hi cau en aquest aspecte tant crucial. Ja he explicat anteriorment que enlloc d'una focalització en qualitat de vida, calen mesures robustes de benestar.

Per altra banda, si tenim molts instruments de mesura ben segur que fora convenient trobar un mecanisme d'agregació i és aquí on caldria explorar instruments de reconeixement de patrons que incorporessin les dades dels diferents sistemes.

Ara bé, aquest document en realitat s'afegeix a un d'anterior que encara no entenc que el fonament de l'estratificació de risc es basi en eines singulars. Dic singulars perquè enlloc més s'utilitzen i aquí m'aturo. Llegiu l'apartat 4.3.1 per  comprovar-ho. Si un s'equivoca amb l'estratificació de risc, llavors que en queda de la valoració multifuncional per adoptar estratègies d'actuació?

Malgrat això, celebrem que hi hagi consens en la valoració multidimensional i esperem que n'hi hagi un ben aviat en l'estratificació de risc.

PS. Sobre els dubtes a l'Euroqol, aquí en trobareu un exemple a partir de la revisió sistemàtica.