Es mostren les entrades ordenades per data per a la consulta holmes. Ordena per rellevància Mostra totes les entrades
Es mostren les entrades ordenades per data per a la consulta holmes. Ordena per rellevància Mostra totes les entrades

06 d’abril 2025

L'exhibició de la ignorància

 Ignorancia: Una historia global

Resumit amb IA

El llibre "Ignorancia: Una historia global" de Peter Burke i Cristina Macía Orio explora la ignorància no només com a absència de coneixement, sinó com un fenomen actiu i amb múltiples facetes que ha tingut i continua tenint profundes conseqüències en diversos àmbits de la societat. L'interès creixent en aquest tema es deu, en part, a les "espectaculars exhibicions d'ignorància" per part de figures polítiques contemporànies.

L'autor ha escrit aquest llibre per a lectors en general, ja que cada individu té una combinació única de coneixements i ignoràncies, i per a altres estudiosos de diverses disciplines, amb l'esperança d'animar a la investigació en aquest camp encara no completament definit. L'objectiu és oferir una "imatge general" del que s'ha fet i del que es pot fer en l'estudi de la ignorància.

Donada la "ignorància actual sobre la història de la ignorància", el llibre s'organitza en una sèrie d'assaigs sobre diferents temes en lloc d'una narrativa cronològica tradicional. Tot i que se centra en Occident i els últims cinc-cents anys, també presenta exemples d'Àsia i Àfrica, justificant aquesta concentració per la "pura ignorància" de l'autor sobre altres regions i períodes, tot argumentant que la comparació dins d'Europa en aquest període és il·lustrativa. El llibre busca identificar tendències generals comunes a diferents camps i examinar canvis graduals en allò que no se sabia, sense respectar divisions cronològiques convencionals. Es presenta com un pròleg a una futura història de la ignorància, un "reconeixement del terreny" amb molts "espais en blanc".

El llibre distingeix entre diverses "ignoràncies" en plural, com "saber com" (know-how) i "saber què" (know-what), així com la diferència entre savoir i connaître, wissen i kennen, on el segon es refereix al coneixement adquirit per relació personal. S'assenyala que el llenguatge per descriure la ignorància ha evolucionat d'una pobresa inicial a una "superabundància" actual, amb nombroses variants catalogades, com la ignorància "activa" i "voluntària". La figura de l'astruç amb el cap sota l'ala s'utilitza com a símbol de la ignorància voluntària, que inclou omissions i silencis deliberats.

La ignorància es defineix en aquest llibre de manera "relativament limitada" com a absència de coneixement. No obstant això, s'explora un entramat d'idees relacionades, incloent obstacles, oblits, secrets, negació, incertesa, prejudicis, malentesos i credulitat. Un dels objectius principals és mostrar les connexions entre aquest ventall de conceptes.

El llibre es divideix en dues parts principals: "La ignorància en la societat" i "Conseqüències de la ignorància". La primera part comença amb la pregunta "¿Què és la ignorància?", explorant la seva naturalesa i les seves varietats. Es destaca que, tot i la llarga tradició de denúncia de la ignorància, s'ha escrit poc sobre la ignorància com a tema d'investigació fins fa relativament poc.

La segona part examina les conseqüències de la ignorància en diversos àmbits:

  • La guerra: Capítol 9.
  • Els negocis: Capítol 10, on es discuteixen activitats clandestines com el contraban i el tràfic de drogues. També s'esmenta el secretisme en els negocis.
  • La política: Capítol 11. S'explora la relació entre secretisme i ignorància, així com la negació de fets incòmodes.
  • Sorpreses i catàstrofes: Capítol 12, on es discuteix el paper de la ignorància en diversos tipus de desastres.
  • Secrets i mentides: Capítol 13, que tracta sobre la ignorància del públic i els mitjans utilitzats per mantenir-lo en la ignorància, incloent la negació, la desinformació i els rumors. S'hi explora el conflicte entre transparència i opacitat, així com els secrets d'estat i les tàctiques d'engany i dissimulació. També es discuteix la censura com a instrument per protegir secrets.
  • Futurs incerts: Capítol 14, que s'ocupa dels intents per remediar la nostra ignorància del futur.
  • La ignorància del passat: Capítol 15, que gira sobre les "desafortunades conseqüències de la ignorància del passat". S'hi analitza la natura i els límits del coneixement històric, el problema del biaix i l'oblit del passat.

El llibre també explora la representació de la ignorància en la literatura, destacant obres de George Eliot i Henry James que ja al segle XIX s'interessaven pel poder i les manifestacions de la ignorància.

L'interès creixent en l'estudi de la ignorància en les últimes quatre dècades s'atribueix a diversos factors, incloent el desenvolupament intern de la investigació (estudiant un problema des del seu oposat) i l'augment de l'atenció acadèmica al coneixement.

Una idea clau que es desenvolupa al final del llibre, seguint a C. S. Lewis, és que "tot nou aprenentatge s'obre espai creant una nova ignorància". Aquesta noció es combina amb una dimensió social, ja que la ignorància, com el coneixement, està socialment situada.

El llibre examina diverses maneres d'aproximar-se a l'estudi de la ignorància:

  • El "mètode retrospectiu", que se centra en el declivi gradual de la ignorància en lloc de l'increment del coneixement.
  • L'estudi de les "absències eloqüents", inspirat en Sherlock Holmes, utilitzant el mètode comparatiu per revelar absències significatives. També es parla de la "història nul·la", que tracta la manca de certs materials com un fenomen significatiu.
  • La inversió de la narrativa triomfalista tradicional, posant èmfasi en l'avanç de la ignorància, la pèrdua de coneixement i el fracàs.

Es considera la importància de qüestionar allò que no s'ha ensenyat, el "currículum nul", ja que la ignorància té efectes importants en les opcions i perspectives. De manera similar, l'anàlisi de les successives edicions d'enciclopèdies pot revelar allò que s'ha eliminat per deixar de considerar-se correcte o rellevant.

El llibre també aborda la història del secretisme, la censura i la desinformació com a mecanismes per mantenir o crear ignorància. Es discuteixen els secrets d'estat, les pràctiques de dissimulació i engany, i el paper dels rumors en omplir el buit d'informació. També s'explora el paper dels periodistes d'investigació i les filtracions en la revelació de "històries secretes" i la lluita entre transparència i opacitat.

La conclusió del llibre se centra en la nova ignorància que sorgeix amb el nou coneixement.

En resum, "Ignorancia: Una historia global" ofereix una exploració multifacètica de la ignorància des d'una perspectiva històrica i social, destacant la seva complexitat, les seves diverses formes, les seves profundes conseqüències en múltiples àmbits i la seva persistent rellevància en el món contemporani. El llibre convida a una reflexió crítica sobre allò que sabem i allò que no sabem, i sobre com la ignorància modela les nostres societats i la nostra comprensió del món.






19 de juliol 2023

Canviant la funció de producció de les proves diagnòstiques

 Real-Time, Multiplexed SHERLOCK for in Vitro Diagnostics

Durant la pandèmia es va produir una innovació notable a la tecnologia de proves diagnòstiques. Va passar desapercebuda per alguns, però no pels que llegiu aquest blog. Es tracta d'utilitzar CRISPR que inicialment s'ha desenvolupat per a edició genètica, per a la detecció d'àcids nucleïcs en un sol pas, i per tant també de Sars-COV-2. La dificultat d'aplicació que tenia aquella prova, que va rebre el vist-i-plau de la FDA era que el procés no es podia automatitzar, i per tant calia amplificació prèvia. Ara acaba de publicar-se la prova definitiva que pot capgirar moltes coses, i que per tant pot canviar la funció de producció dels laboratoris. La troballa d'enzims termoestables ha estat la qüestió clau per a l'èxit de l'equip de Feng Zhang.

Cal dir que la companyia rival, Mammoth Biosciences, de Jennifer Doudna,  també té en marxa una prova similar: DETECTR BOOST.

I ara ja ha començat el procés de patentar enzims. Tant per una empresa com per l'altre. I això esdevé inadmisible si el que es pretén patentar la natura o variacions sobre la natura. Però ningú se n'està adonant , als USA ja s'ha fet tard, però a Europa encara hi som a temps.

N'estic segur que les patents, una vegada més, limitaran l'accés a aquesta gran innovació.



Cartier-Bresson


PS. Per si voleu saber com funciona DETECTR BOOST

PS. Per tal de comprendre l'abast del que signifiquen les proves diagnòstiques basades en CRISPR el millor és consultar un article de revisió com aquest. I la taula següent conté les dades bàsiques:

Characteristics of reported CRISPR-based diagnostics

From: CRISPR-based diagnostics

Name

Enzyme

Preamplification

Assay timea (min)

Sample preparation

Readout

Applications

LODc (mol l−1)

LODc (copies per ml)3

References

CRISPR type II

NASBACCb

Cas9

NASBA

120–360 (one pot)

Column-based or crude extraction

Colometry

Discrimination between African and American ZIKV

1.0 × 10–15

6.0 × 105

25

CRISPR–Chip

Cas9

15

Column-based

Electrochemical

Detection of gDNA from cell lines and DMD patients

2.3 × 10–15

1.4 × 106

45

CRISDA

Cas9 nickase

SDA

90

Column-based

Fluorescence

Detection of gDNA; breast-cancer-associated SNPs in cell lines

2.5 × 10–19

1.5 × 102

27

FLASH

Cas9

PCR

NS

Column-based

NGS

Detection of gDNA; antimicrobial resistance genes in clinical samples

1.9 × 1018

1.1 × 103

71

CAS-EXPAR

Cas9

EXPAR

60

Chemical (phase separation)

Fluorescence

Sensing of methylated DNA; L. monocytogenes mRNA

8.2 × 10–19

4.9 × 102

91

Cas9nAR

Cas9 nickase

Strand-displacing DNA polymerase

60

Column-based

Fluorescence

Detection of bacteria (S. typhimurium, E. coliM. smegmatisS. erythraea); detection of KRAS SNPs in cell lines

1.7 × 10–19

1.0 × 102

111

CRISPR type V

DETECTR

Cas12a

RPA

10 (RPA) and 60–120 (CRISPR)

Crude extraction

Fluorescence

Detection of HPV16 and HPV18 in human samples

1.0 × 10–18

6.0 × 102

36

Cas14-DETECTR

Cas14 (Cas12f)

PCR

NS (PCR) and 120 (CRISPR)

Crude extraction

Fluorescence

Detection of HERC2 SNPs in human samples

n.s.

6.0 × 103

41

HOLMES

Cas12a

PCR

88 (PCR) and 15 (CRISPR)

Column-based

Fluorescence

SNP discrimination in cell lines and human samples; detection of viruses (PRV, JEV); virus-strain discrimination

1.0 × 10–17

6.6 × 103

37,38

CRISPR-materials

Cas12a

RPA

40 (RPA) and 240 (CRISPR)

Synthetic targets

Fluorescence or μPAD (visual and electronic)

Detection of EBOV synthetic RNA

1.0 × 10–17

6.6 × 103

79,80

CDetection

Cas12b

RPA

10 (RPA) and 60–180 (CRISPR)

Synthetic targets or crude extraction

Fluorescence

Detection of HPV16; human ABO blood genotyping; BRCA1 and TP53 SNPs

1.0 × 10–18

6.0 × 102

112

HOLMESv2

Cas12b

LAMP

40 (LAMP) and 35 (CRISPR) or 120 (one pot)

NS

Fluorescence

SNP discrimination in cell lines; RNA virus detection (JEV); human mRNA and circular RNA detection; DNA methylation

1.0 × 10–17

6.0 × 103

39

E-CRISPR

Cas12a

30–180

Synthetic targets (nucleic acids)

Electrochemical

Detection of viruses (HPV16, PB19) and protein (TGF-ß1)

5.0 × 10–11

3.0 × 1010

77

CRISPR type VI

 –

Cas13

NS

NS

Fluorescence

Detection of human mRNA; detection of bacteriophage λ-RNA

1.0 × 10–12

6.0 × 108

30,31

SHERLOCK

Cas13

NASBA or RPA

132 (NASBA) or 120 (RPA) and 60–180 (CRISPR)

Column-based or crude extraction

Fluorescence

Detection of viruses (ZIKV, DENV) and bacteria (E. coliK. pneumoniaeP. aeruginosaM. tuberculosisS. aureus); discrimination between virus strains; detection of SNPs

2.0 × 10–18

1.2 × 103

32

SHERLOCKv2b

Cas13

RPA

60 (RPA) and 60–180 (CRISPR) or 60–180 (one pot)

Column-based or crude extraction

Fluorescence or lateral flow

Detection of viruses (ZIKV, DENV) and bacteria (P. aeruginosaS. aureus); discrimination between virus strains; detection of SNPs

8.0 × 10–21

4.8

22,34

SHINEb

Cas13

RPA

50 (one pot)

Crude extraction

Fluorescence or lateral flow

Detection of SARS-CoV-2

8.3 × 10–18

5.0 × 103

62

STOPCovidb

Cas12b

LAMP

60 (one pot)

Crude extraction

Fluorescence or lateral flow

Detection of SARS-CoV-2

3.3 × 10–18

2.0 × 103

63

CARMEN

Cas13

PCR or RPA

20 (RPA) and 180 (CRISPR)

Column-based

Fluorescence

Detection of 169 viruses; subtyping of influenza A strains; detection of HIV drug-resistant mutations

9 × 10–19

5.4 × 102

67

APC-Cas

Cas13

Allosteric-probe-initiated amplification with DNA polymerase

110 (APC) and 30 (CRISPR)

None

Fluorescence

Detection of S. enteritidis

One colony-forming unit

92

 

Cas13

<240

Column-based

Electrochemical

Detection of microRNAs (miR-19b and miR-20a)

1 × 10–11

6.0 × 109

46

PECL-CRISPR

Cas13

EXPAR

30 (CRISPR), 30 (phosphorylation of pre-trigger), 30 (EXPAR)

Column-based

Electrochemiluminescence

Detection of microRNAs (miR-17, let‐7 family miRNAs)

1.0 × 10–15

6.0 × 105

78

  1. NS, not specified; APC-Cas, allosteric probe-initiated catalysis and CRISPR-Cas13a system; BRCA1, breast cancer 1 gene; circRNA, circular RNA; Cas9nAR, Cas9 nickase-based amplification reaction; CRISDA, CRISPR–Cas9-triggered nicking endonuclease-mediated strand-displacement amplification; DENV, dengue virus; DMD, Duchenne muscular dystrophy; EBOV, Ebola virus; E. coliEscherichia coliHERC2, HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2 gene; HPV, human papillomavirus; JEV, Japanese encephalitis virus; K. pneumoniaeKlebsiella pneumoniaeKRAS, KRAS proto-oncogene GTPase; M. smegmatisMycobacterium smegmatisM. tuberculosisMycobacterium tuberculosis; PECL, portable electrochemiluminescence chip; P. aeruginosaPseudomonas aeruginosa; PB19, parvovirus B19; PRV, pseudorabies virus; S. erythraeaSaccharopolyspora erythraeaS. aureusStaphylococcus aureusS. enteritidisSalmonella enteritidisS. typhimuriumSalmonella typhimuriumTP53, tumour protein P53 gene.
  2. aAssay time indicates the approximate incubation time most frequently used in the referred study (different assay times can be reported, depending on the intended sensitivity and the readout).
  3. bPOC compatibility indicates whether the entire assay as reported—including sample preparation (that is, crude extraction) and readout—can be performed at POC or in the field with minimal equipment.
  4. cLimits of detection cannot always be directly compared across studies, in particular because some studies did not report how the LOD was determined, or reported the target concentration either in the transport media of the sample or in the final reaction. The LODs shown here reflect the optimal LODs reported. In general, LODs depend on the type of input material (raw or synthetic), type of readout and incubation time.